Un origen vasco-romance propone Aznar Martínez (TopEuskRioja); lo define por "colinilla", porque es un "diminutivo romance sobe un base más antigua muña/muño 'colina, cerro". Definición que también da Larreina (LarreinaDespoblados) para un despoblado actual que tuvo el mismo nombre.

Ernesto Pascual (La Rioja.com, 10.01.2024) propone un origen latino “que evoca la muralla que la fortificaba”, pero no explica ni justifica la relación entre Munilla y muralla. Debemos suponer que lo relaciona con el verbo latino munire. Sobre la muralla dice Madoz (DicMadoz, s.v.) que "se conservan en los alrededores de la villa algunos trozos de muralla de tierra y canto de 20 varas castellanas de elevación, los cuales denotan la importancia que tuvo en otra época".

No documentamos el topónimo hasta los años 1064, 1156 y 1172, cuando se escribe Munella, o en 1162 en que se lee Muniela (cf. documentación histórica).

Munilla puede tener un origen antroponímico u oronímico. El antropónimo indígena Munius se documenta en Lusitania, Beturia Túrdula, Celtiberia y Asturias (territorios ocupados casi exclusivamente por pueblos indoeuropeos, Vallejo 2005, 362-363). Asimismo el nomen romano Munius, también documentado en Hispania, existe en osco-umbro (lo que confirmaría su origen indoeuropeo) pervive en la Edad Media (Ramírez Sádaba 2002, 157-160), por lo que Munilla podría ser tanto un nombre indígena como romano. Pero, dada la estructura onomástica en que aparece el nombre, documentado en Évora: Iulia Rufi f(ilia) Munilla (CIL II, 117), debemos entender que se trata de un nombre latino, como también lo piensa Vallejo. En estas circunstancias, teniendo en cuenta que las villas romanas solían identificarse por el cognomen de sus propietarios, es verosímil que Munilla tenga su origen en una villa romana, denominada Munilla, caso análogo al de Marcilla (Nieto Ballester, Diccionario, s.v.). No obstante, en la Edad Media no se documenta esta forma femenina de Munius; por el contrario funciona Munnina: cf. Munnina Paterne trado...(CartSanMillán, año 950, doc. nº 56; mismo nombre en doc. nº 60).

Pero también es posible un origen oronímico. Corominas-Pascual (DCECH, s.v.) relacionan el apelativo ‘moño con el vasco ‘muño = "otero, ribazo", cuyo lexema, *munn 'bulto, protuberancia "tiene representantes en todos los nombres ibéricos y gálicos y reaparecen en en vasco y aún en los idiomas precélticos".

Dada la topografía del lugar, Munilla admite la explicación de un topónimo descriptivo: “la pequeña colina”,  ya que en la Edad Media no funciona el nombre femenino Munilla, como derivado del abundante Munius. Se documentan Munnoza y Munnata (ya citados) y Munnina: cf. Munnina Peterne trado… (CartSanMillán, doc. Nº 56, año 950), y, por tanto, se podría excluir el origen deantroponímico. Pero es perfectamente posible que hubiera dejado de usarse el nombre latino, al tiempo que se hubiese creado un nuevo nombre, derivado de Munnius/Munius, que es el vigente en el siglo X. El nombre latino habría permanecido fijado en la toponimia, como tantas veces ocurre.

Y es igualmente posible que Munilla sea un diminutivo de *munno/munio ‘otero’, apelativo que fue usado en otros lugares, como el Muniello leonés, los Monelos gallegos y quizá la Munilla alavesa. Su significado sería, en este caso, “la pequeña colina”.