Se ha propuesto para Quel una forma evolucionada del árabe 'calat', cuya forma medieval sería Kel. Así lo hace Rodríguez Rodríguez de Lama (CDMRioja, III, pg. 395), y a la misma etimología, 'kalah', se remite en Quel histórico, pg. 14. Se vincula esta explicación al castillo de Quel, fortaleza emblemática (ibidem, pgs. 14-15). pero no es etimología plausible, porque todos los topónimos que derivan de 'calat' suelen adaptarse como Calat (Calatayud) o Calá (Alcalá): No tiene explicación fonética el cambio vocálico Cal > Kel, ni la pérdida de la segunda sílaba.

Otra posible etimología fue sugerida por Untermann (HistLog, I, 83): "El topónimo *Quelia o *Quelium, del que se deriva Kueliokos (A-549) puede coincidir con la forma antigua de Quel, nombre de una población sobre el río Cidacos, 5 kms. aguas abajo de Arnedo (La Rioja)". Es la lectura de unas pocas monedas halladas lejos de Quel, porque el único castro prerromano hallado en su territorio (cf. aspectos históricos y administrativos) no ha proporcionado restos que puedan verificar esta asociación (Kuelicos > Quel). El propio Untermann, consciente de la fragilidad de su propuesta ("puede coincidir", dice él), añade en nota 32, pg. 94: "por supuesto en este caso tampoco es necesario que el lugar coincida con la ceca que ha emitido las monedas en cuestión. El mismo elemento onomástico se da en  se da en los antropónimos Quoelia y Coelius" para lo que remite a Albertos Firmat.

En suma. el propio Untermann es consciente de la debilidad del argumento. Los restos arqueológicos, conocidos hasta este momento, confirman que este territorio no estaba poblado en los siglos en los que se difundió la escritura ibérica por lo que no pudo acuñar la moneda de Kuelikos. Si Quel derivara de Quelius/Coelius, habría reducido el diptongo a Cellius y procediendo de un genitivo Celli habría perdido también la -i. de genitivo, porque únicamente podría explicarse como un fundus propiedad ce Cellius. Pero tampoco hay, por ahora, restos de villas romanas, aunque probablemente las hubo. Es cierto que en un documento se registra Chelli (año 1142, CDMRioja II, 131), pero en ese mismo documento se repite también la forma Chell, de modo que es evidente la inseguridad, o quizá error, del escribano.

Ambas etimologías son desechadas por Espinosa Ruiz et alii. Después de analizar la posible relación Qal-at > Quel concluyen: "Parece claro que una derivación etimológica de la lengua árabe no pasa de ser una propuesta tributaria de la llamativa visibilidad del castillo actual en la línea del horizonte". Desechan también su relación con Kuelicos con estas palabras: "cuando la ceca citada estaba activa el poblado hacía al menos dos siglos que había sido abandonado".

Por ello proponen otra etimología. Por la cantidad de nichos y cuevas excavadas en la roca (analizadas y descritas en páginas anteriores) piensan que Quel se explica por el apelativo latino 'cella', "con el significado de cuarto pequeño o cubículo, bodega, un espacio cerrado de pequeñas dimensiones". El plural, cellae, sonaba Kel-le: "Así, pues, la actual forma Quel apenas ha sufrido cambios formales desde su origen latino y, de hecho, en las fuentes medievales más tempranas aparece casi siempre citado bajo las formas Kel y Kelle"(cf. Espinosa Ruiz et alii, bibliografía específica, 39-40). Es mucho mejor esta explicación y muy verosímil, porque sus razones topográficas son evidentes. Pero hay objeciones lingüísticas. En romance, tanto riojano como castellano, 'cella' deviene 'cilla', e incluso hay un topónimo en Arnedo con esa denominación. Además Kelle solo se documenta así en Los Votos de San Millán, documento que tenemos que excluir para nuestra investigación por ser una falsificación del siglo XIII.

Por eso tenemos que partir de Kel, Chel y Quel, formas con las que se escribe indistintamente el topónimo en los documentos medievales más antiguos. Como puede verse en la documentación histórica son formas intercambiables que responden a una gutural sorda /k/, que, gráficamente y en función de los escribanos, se transcribe con las grafías que el latín utilizaba para ella (-ch- y -k-) o con la romance -qu-.  Así las cosas, proponemos otra hipótesis posible. Quel puede ser la pronunciación "riojana" de *quer: los riojanos, a veces, la /r/ la pronuncian /l/ (cf. en el Toponomasticon Galbarruli). *Quer, que forma parte de topónimos hispánicos (cf. Querol, en este Toponomasticon), se sustenta en la raíz hispano-caucásica *kario = 'piedra', 'roca', según Hubschmid (ELH, I, 39). La "peña" , bajo cuyo abrigo está Quel, es el referente topográfico que dio nombre al pueblo, igual que ocurre en dos pueblos vecinos de la Ribera de Navarra : Cárcar (= 'roca roca', es decir, 'roca pelada) variante de la misma raiz prerromana (Car/Quer) , y Azagra, que deriva del árabe 'sajra' = 'peña'. Madoz (cf. documentación histórica)  describe Quel "al pie de una roca perpendicular que sirve de respaldo y asiento...".