En la base del topónimo parece estar la variante *Siltus del antropónimo documentado en Bélgica Siltius (EDH; compárese con los pares Paternus / Paternius y Urbicus / Urbicius, por ejemplo); dicho de manera más exacta, el genitivo de dicho nombre declinado por la tercera: *(uīlla) Siltonis 'la propiedad del llamado Siltus'. No obstante, se puede proponer también el nombre Sinto documentado en Germania (EDH), si se acepta que ha habido una disimilación de nasales n - n > l - n (cfr. aitzin / antzin / a(i)ltzin 'parte delantera'), es decir, si se da por bueno que el *(uīlla) Sintonis inicial se convirtió en *(uīlla) Siltonis (compárese con *(uīlla) Canturonis > Galdurotz; Salaberri y Salaberri, 2020: 22, 26). Si partimos de aquí, la evolución del topónimo habrá sido esta: *(uīlla) Siltonis > *Zildõɦ̃ĩtz (cfr. saltu > zaldu) > *Zildõɦĩtz (véase Salaberri y Salaberri, 2020) > Zildoitz (estará en la variante Çildoyz de 1458) > Zildotz.

En el mencionado trabajo de 2020 (p. 30) mencionábamos también la posibilidad de que en Apardoze (Apardués, N, Apardoz en 1737; Apardoz es, además, un término de Markalain, N [NTEM 59: 119] que aparece como Aparrdotz en 1328 [García Larragueta, 1976: 57]) y Nardoze (Nardués, N) tuviéramos el sufijo -do que se documenta en los aquitanos Carerdonis (gen.) y Sembedo (base Sembe, en euskera histórico seme 'hijo', usado también como nombre personal), e igualmente, tal vez, en Ilurdo (cfr. Ilurdotz, localidad de Esteribar, N) y Lapurdo (Irigoien, 1990: 48-49), entre otros. Así pues, parece posible que en Zildotz tengamos el nombre de raigambre eusquérica *Zildo, que llevaría el mencionado sufijo -do, creado quizás sobre una base zil 'ombligo' (compárese con Bizardo, Ezkerdo y Zabardo, Irigoien, 1990: 51, con bases bizar 'barba', ezker 'izquierda' y zabar 'dejado, persona dejada'), más el sufijo -(i)(t)z que indicaba propiedad y que a partir de cierta época era autónomo, es decir, no estaba ligado directamente al final latino en -onis.