El topònim Algaió/Algayón preocedeix del mot  andalusí aʿyún —o possiblement *ʿayún— (àrab clàssic aʿyun, ʿuyūn) 'fonts, ulls', que era el plural habitual de ʿayn 'font, ull' a la Península Ibèrica. En el nostre cas concret, a més de l'article corresponent en posició inicial, s'incorporà una /g/ com a desenvolupament de la consonant àrab fricativa faríngia sonora (veg. LexTopAnd, p. 304). Així amteix, seguint l'evolució fonètica del català, es perdé la nassal final i resultà Algaió, l'única forma enregistrada en època medieval, que es castellanitzà després en Algayón. Recolza aquest origen àrab l'existència d'un deu d'aigua blana, les fonts del qual brollen directament del terra i originen unes petites basses rodones conegudes com "Los Ullets" (OnCat II, 132a; DicMadoz). A Terol i a Toledo existeix el topònim Aloyón amb el mateix origen etimològic (veg. Corriente_Toponymes, p. 39).

Aquest mateix plantejament és el que presenta Coromines (OnCat II, 132) en una llarga explicació del topònim, encara que la descarta per existir una forma medieval “Agayo”, sense consonant lateral, a la qual sona excesiva importència a la vista de la documentació existent, ja que, en tractar-se d'un caso único i aïllat, és més versemblant pensar que som davant una errada de l'escrivà. Coromines proposa altres possibilitats, que, des del nostre punt de vista, són problemàtiques per diferents motius:

• De l'àrab 'irq 'uyûn ‘lloc de naixement de fonts’, i el relaciona amb el topònim aragonès Alcaine. Aquest radical té l'inconvenient de ser indeterminat i, per tant, no podria crear un topònim, que hauria de ser determinat per un article. La forma determinada seria 'irq al-'uyûn, que és incompatible amb les formes aplegades en la documentació antiga.
• Del ll. *CAVEONEM, i es basa en el nom Gayón d'una localitat bearnesa, antigament Caivó, que podria designar una mina d'aigües, de la mateixa manera que els mots catalans alcavó ‘naixement d'aigua’ i gabions ‘blocs per a aturar avingudes d'un riu’. Novament, les formes Caivó, alcavó, gabions són incompatibles amb les solucions anotades en la documentació antigua.
• Finalment, la que dona como probable, de l'àrab masğîd al-Qayyúm ‘la mesquita del Sublim’, perquè té en compte que en aquesta localitat  s'esmenta un hospital en un document de 1255 regentat per una orde religiosa cristiana, i suposa que aquesta orde prengué el nom d'una institució religiosa pròpia dels àrabs. Tanmateix, des d'un punt de vista fonètic veiem dos inconvenients per acceptar la proposta: d'una banda, s'hauria hagut de conservar la -m final, com succeeix generalment en català, i més encara per tractar-se d'una sil·laba tònica; de l'altra, l'evolució de la velar sorda àrab ens duria a un resultat Alcaió i no Algaió.

També descartem la proposta segons la qual procederia de la fusió de l'article àrab al i l'antropònim llatí GAIONIS, de GAIUS (Miguel, 2020: 147). Aquesta addició seria anormal, prequè l'afegitó antietimològic de l'article àrab només sol trobar-se en mots preàrabs d'origen lèxic i no antroponímic; seria el cas de topònims com  Alarcos (Ciudad Real), Alboloduy (Almería), Albuñol (Granada), Alcaudete (Jaén), Alcubillas (Ciudad Real), Alfaro (La Rioja, A Coruña), Alicún (Almería, Granada), Almonaster La Real (Huelva), Almonte (Huelva), Alpera (Albacete), Alporchones (Lorca), Alpuente (València), Alpujarra, etc. En cacanvibio, l'etimologia àrab que hem plantejat no ofereix cap obstacle fonètic ni lèxic ni morfològic.