Las etimologías propuestas para la explicación de Alagón, se pueden agrupar en tres bloques: las hipótesis vasco-iberistas, las preindoeuropeas y las indoeuropeas.

En lo que respecta a las primeras, Humboldt relacionó el topónimo "Alavona en los Vascones" (PUUH, 64-65) con los términos ala-lecua ‘dehesa’ o ‘lugar de pasto’ (del vasc. leku ‘sitio, lugar’) y -ona ‘bueno’, de lo que resultaría un topónimo propiciatorio del tipo ‘buen sitio de pasto’. Añade, además, que "si la lectura Allobon en el Itinerario de Antonino es correcta, entonces el radical sería la palabra vasca alhor ‘campo’" (PUUH, 65). Poco después, y prolongando la línea de investigación de Humboldt, Julio Cejador (Cejador_1928, 7) relacionó Alagón con el aumentativo de la voz vasca araba, que significa ‘llanura baja’; así, del mismo modo que de araba se originó Álaba o Álava, Alabona provendría de un primitivo arabona. En el Onomasticon Cataloniae (OnCat, I, 57-58, s. v. Alaó, Santa Maria d’) se propone como un posible étimo el vasco alago ‘dehesa, lugar de pasto’, aportando los apelativos alago, alagu y alagune recogidos por Azkue en los valles navarros de Salazar y Roncal, así como la posibilidad expresada por este mismo autor de que alaune ‘majada, albergue del ganado’ fuera una contracción de alagune.

La hipótesis preindoeuropea fue sustentada por Hubschmid. Para este autor, "ʼAλαυῶνα en los confines del territorio vascuence" es un topónimo de origen preindoeuropeo "sin correspondencias en vascuence ni tampoco conexiones probadas con apelativos documentados en la lengua que fuere" (Hubschmid_1980, 480) y lo relaciona con Alaba (Álava), Alava (Oviedo) y Alaveiro (actual Aveiro, Portugal). Hubschmid constata la difusión de estos nombres dentro de la Hispania prerromana (por ejemplo, Alaba), aunque "la mayor parte de ellos sirven para designar a una sola localidad" (Hubschmid_1980, 480). Anteriormente, Tomás Buesa (Buesa_1958, 155) había propuesto la raíz preindoeuropea *kal- / *kar - ‘piedra, montaña’, ‘sitio elevado’ para explicar el Barranco Alago en Loarre (Hoya de Huesca) y el mismo Alagón. Buesa partía de un enmudecimiento de la consonante oclusiva inicial /k-/, convirtiéndose en oclusiva aspirada /kh-/, con posterior reducción y pérdida de la /h-/, quedando como resultado /al-/. Marco (Marco_1979, 161) también incluyó Alagón dentro de los topónimos preindoeuropeos de la provincia de Zaragoza. Esta misma interpretación fue recogida por Antonio Ubieto (Ubieto_Pueblos1, 43).

Además de la hipótesis iberovasca ya reseñada, el Onomasticon Cataloniae (OnCat, I, 57 y ss.) contempla distintas hipótesis indoeuropeas. Tras considerar como muy forzada una equivalencia celtibérica del gr. elaphós ‘ciervo’ del tipo *Elabone, *Elaone, se plantea una posible relación con el asturiano Alava y varios topónimos medievales Alava y Alaveiro, para los que se ha propuesto, sin mucho fundamento, una forma cèltica gala *alaua ‘fruto del pino, pino’. Por su parte, Untermann (MHL, I/1, 89 y 200), sin proponer una filiación lingüística concreta, supuso un topónimo prerromano alau, que se romanizó primero en Alavo-onis y posteriormente se convirtió en Alavona, considerando la terminación -n como un elemento flexivo similar al que se identifica en bolśkan .

La interpretación indoeuropea de Alagón ha sido desarrollada por extenso por Villar, quien además establece la secuencia evolutiva desde las formas antiguas a la forma actual del topónimo (Villar_2005, 433-435). Este autor analizó las variantes gráfico-fonéticas que ofrece el topónimo y las sistematizó en cinco alternancias, todas ellas esperables en la toponimia antigua de Hispania:

1. Alternancia /a/-/o/ en la segunda vocal: alaun, Alavona, Allavonensis / Allobone .
2. Alternancia /l/-/ll/ en la primera consonante: alaun, Alavona / Allavonensis, Allobone.
3. Alternancia /v/-/b/ en la segunda posición consonántica: alaun, Alavona, Allavonensis / Allobone.
4. Alternancia /u/-/o/ en la vocal del sufijo nasal: alaun / Alavona, Allavonensis, Allobone.
5. Alternancia entre la flexión atemática en -ōn- > -un- / tema femenino en -ōna-: Allobone / Alavona.

La forma alaun en signario ibérico (MLH, I/1, A.16) permite despejar tres de las cinco alternancias: primero, la forma autóctona contaba con /a/ como segunda vocal; segundo, la vocal del sufijo es /u/ (salvo que se tratara de una abreviatura); y tercero, la segunda consonante era /v/ o /w/ porque la grafía alaun de la ceca permite descartar /b/, si bien el resultado moderno Alagón hace más probable la pronunciación [w]. Por otra parte, la escritura ibérica no refleja el carácter geminado en la alternancia /l/-/ll/. Sin embargo, el resultado moderno Alagón apunta a que no era una geminada, tal y como ocurre con Palantia / Pallantia, cuyo resultado moderno es Palencia. Por último, la pertenencia a la flexión atemática en -ōn- (> -un-) o bien al tema femenino en -ōna- no es un rasgo decisivo: alaun es el resultado de la adaptación ibérica de un topónimo indoeuropeo pre-ibérico y desconocemos si esa adaptación se produjo desde un tema en -ōn- o en -ōna-. La ampliación de un antiguo tema en nasal mediante el sufijo -ā es un fenómeno suficientemente atestiguado como se aprecia en dobletes del tipo Arro-Arraona, Bara-Barasona, Tarraco-Tarragona. En todo caso, el moderno Alagón procede de la forma no ampliada con -ā .

Tras este escrutinio gráfico-fonético, Villar (Villar_2005, 434) propone como forma nativa /alawun/, de donde procede la latinización *alawōn(em) > Alagón y las otras formas documentales Alavona, Allavonensis y Allobone; en esta última forma, el cambio /o/ > /a/ es una habitual adaptación latina de una /a/ de articulación posterior. Establecida la forma nativa primigenia alaun (/alawun/) y prescindiendo del sufijo nasal (-ōn- > -un-), resultan dos posibilidades para establecer la etimología: *alab- / *alaw-, sin que sea posible establecer si ambas responden a una misma etimología o son dos líneas etimológicas distintas que tienden a su confusión. En todo caso, ambas alternativas cuentan con paralelos toponímicos tanto en Europa como en Asia Menor: por un lado, la ciudad celtibérica de Alaba (Pt., 2.6.57) y el río siciliano Alabos; por otro, Alava es el nombre de diversos ríos de Gran Bretaña, Alemania y Holanda. Asimismo, Villar ((Villar_2005, 434-435) apunta cómo en territorios célticos (Galias, Britania) constan numerosos topónimos e hidrónimos del tipo Alauna, Alaunos, para los que se ha propuesto un étimo *alauno ‘moteado’.

Para Saura (Saura_2010, 433-434) no puede aceptarse la interpretación ibero-vasca, ya que la base léxica del topónimo es la raíz indoeuropea *al- ‘fluir, correr’ (Un_Krahe, 35-38, *el- / *ol- ‘fliessen, strömen’), también contemplada por Villar (Villar_2005, 487) y Cortés (Cortés_2018, 64), con un alargamiento morfológico de la base (*alab- o *alaw-) y el sufijo -ōn . Este alargamiento es análogo al que se observa, por ejemplo, en el primitivo hidrónimo Aragón (*arab- o *araw-). Esta hipótesis hidronímica se ve reforzada por la presencia de numerosos hidrónimos cognados y por la situación física de Alagón en el interfluvio que traza el río Ebro, que fluye por el norte, y el río Jalón, que corre por el este y desemboca en el Ebro en las proximidades de la localidad.

En lo que respecta al cambio consonántico /b/ >/g/, fue el propio Menéndez Pidal (MGHist, 196, §72.1) quien propuso la evolución Allabone > Alagón como ejemplo de la frecuente confusión de las oclusivas sonoras /b/-/g/.