El topónimo presente un primer elemento hoyo, muy repetido en la toponimia de la zona de habla castellana y de significado obvio, pero hay dificultades de importancia en la interpretación y análisis del segundo elemento. La documentación desde la más antigua hasta tiempos recientes muestra la forma -quesero, no -casero. En fecha tan avanzada como 1878 aún en  el ayuntamiento se dudaba entre las dos formas, como puede verse en los sellos que a requerimiento del Gobierno se remitió.  El topónimo, además, se repite con esta forma exacta Hoyoquesero en Talarrubias, en Badajoz. A ello se añade que a solo 10 km. de Hoyocasero se encuentra la localidad de Navaquesera, que parece haber mantenido un segundo elemento que sería el mismo, pues debe entenderse que hay algún tipo de vinculación entre ambas. . Por añadidura, esta topónimo está testimoniado ya como Naua Quesera en el siglo XIV. Todo ello apunta, pues, a un segundo elemento -quesero que habría sido alterado en -casero por evidente asociación con casa, casera, etc.

Este segundo elemento quesero debe ser analizado como lo que parece, esto es, un adjetivo derivado de la palabra común castellana queso, de conocido origen latino, característica del conjunto castellano-portugués, pero ajena al resto de las lenguas romances que, en general, no han mantenido la vieja palabra latina. El adjetivo, por supuesto, se ha sustantivado en usos muy amplios, tanto en género masculino como en femenino. Dado que tiene significados tan amplios es difícil o imposible precisar cuál ha sido exactamente el que ha dado lugar a este topónimo y a su vecino. Puede haber sido la existencia de una explotación ganadera llamada quesera, un lugar donde se fabricara queso llamado Quesero o incluso puede haber alguna referencia orográfica, pues en algunas ocasiones se ha comparado la orografía de un terreno con una quesera, esto es, el recipiente para hacer queso, a la manera que hallamos en tantos casos del tipo caldero, padilla, etc. Sea como sea, la aparición de topónimo Quesera, Quesero y otras formaciones derivadas es muy frecuente, como puede comprobarse en la breve relación de cognados que se señala más abajo.