La base del étimo es la raíz hidronímica indoeuropea *ar- 'agua que fluye', 'corriente de agua' (Un_Krahe, 45-47; IEW, s. v.) con un alargamiento morfológico *arab- / *araw- y el sufijo indoeuropeo nasal -ōn (*Arab-ōn / *Arav-ōn). Este patrón flexivo en -ōn es característico de algunas bases primitivas bisilábicas y se detecta especialmente en hidrónimos (Asabón, Jalón) y en topónimos de origen hidronímico (Alagón, Alaón, Alacón) (Saura_2007, 433-435; Cortés_2018, 63-65). Con respecto al alargamiento morfológico de la raíz y en ausencia de formas antiguas, es dable partir tanto de un alargamiento bilabial /b/ (*arab- ) como del wau /w/ (*araw-). En apoyo de la primera hipótesis contamos con hidrónimos antiguos cognados, peninsulares y extrapeninsulares, como Arabo (Hispania y Germania), Arab (Galias), Arabis (Drangiana); como soporte de la segunda están las formas antiguas de Alagón, primitivo hidrónimo que las fuentes antiguas reportan como alaun, Alavona y el gentilicio Allavonensis.  

El alargamiento morfológico /b/-/w/ de la base del étimo *Arabōn / *Aravōn derivó por equivalencia acústica (MGHist, 196, §72.1) en consonante velar sonora /g/ (*Arabon, *Aravon > Aragon). Posteriormente el resultado Aragon se asimiló en latín con los temas en nasal (Aragon, -onis). Estos dos procesos evolutivos son similares a los que se observan en el hidrónimo cognado *Alabōne, *Alavōne > Alagón.

Debe descartarse la hipótesis de un sufijo denominativo -ko- (del tipo *Aracone), como algunos autores proponen, porque siendo Aragón "el ámbito conservador por antonomasia de las oclusivas sordas intervocálicas, sea cual sea su procedencia, habría pervivido una variante *Aracón, algo que no se verifica en absoluto" (Saura_2010, 434).