Balboa es un topónimo compuesto formado a partir del apelativo abreviado val, continuador del lat. valle n. f. ‘valle’, ‘cañada, hondonada’, ‘hoyo, cavidad’ (REW 9134, Gaffiot) y del adjetivo apreciativo boa, continuador del lat. bona ‘buena’. El primer elemento, la forma abreviada val, resultado del apócope de la vocal átona final de valle, se encontra preferentemente en el Bierzo y en la cuenca del Porma, mientras que en la zona situada entre los ríos Torío y Esla se prefiere la forma plena. Por otra parte, en el tránsito de la latín a las lenguas romances, valle cambió de género, quizá por influjo de mons ‘monte’ según Corominas y Pascual (DCECH, s. v. valle), como también ha ocurrido en castellano, francés y portugués. No obstante, el género femenino se ha conservado en la toponimia en las formas apocopadas como la que nos ocupa o en Balouta [ayuntamiento de Candín],  Valespinosa (Valle de Fenar), etc.  En el antiguo Reino de León las formas val/valle se utilizaron para designar tanto los valles como los cursos de agua secundarios que por ellos fluían, Valtabuyo, Valcarce, Valdueza, ..., posiblemente como consecuencia del calco semántico, promovido por lo repobladores mozárabes, de la palabra árabe wad(i), que tenía los significados de ‘valle’ y de ‘corriente de agua, río’  (MoralejoTopGallega, p. 214).

El segundo elemento, boa, es completamente regular: ausencia de diptongación y pérdida de -n- intervocálica, características del gallego.

Posiblemente, dado el doble significado del apelativo val, el nombre de la localidad y del municipio se haya tomado del nombre del río Balboa que pasa por el pueblo. En este sentido, el determinante aludiría metonímicamente a la calidad del agua del río o sería un apreciativo del propio río.