El origen lingüístico de Huesca sigue siendo discutido, sin que se haya llegado todavía a una solución satisfactoria y quizás hayamos de esperar mucho tiempo hasta que pueda llegarse a ella. 

En lo que atañe a su etimología, dos son las hipótesis aceptadas por los filólogos como más verosímiles. Por un lado, al observar que el nombre autóctono fue Bolskan, se ha supuesto que la forma latina es en realidad una adaptación (o evolución) fonética de dicho topónimo a la pronunciación romana, semejante a la que se produce en Varscunes > Vascunes, y que desembocaría en Osca por etimología popular, pues el nombre se habría relacionado con el del pueblo itálico de los Oscos. Qué es lo que pudo haber significado Bolskan queda hoy por hoy en una penumbra total. Sin embargo, ha de hacerse notar que quienes defienden la hipótesis de la adaptación al latín del nombre indígena parece que olvidan que Osca era corriente en dicha lengua cuando todas las monedas autóctonas de época romana avanzada (probablemente coetáneas del tiempo de Quinto Sertorio, sabino de Nursia y rebelde frente a Roma) seguían diciendo Bolskan y no Olskan. Se podría admitir —aun cuando plantea ciertas dudas— el razonamiento de que el indígena Bolskan pudo haberse convertido en Olskan para adaptar un poco el nombre ibérico al usado por autoridades y escritores latinos, pero la verdad es que no se puede explicar muy bien en virtud de qué leyes de evolución fonética Bolskan habría de evolucionar a Olskan (con aféresis de /b/ inicial) y luego a Osca (con pérdida de /l/ interior) en el latín de Hispania, mientras que en Italia un nombre muy semejante como Volscos, alusivo a uno de los pueblos —limítrofe de los Oscos— que habitaron en ella, siguió pronunciándose con /b/ inicial y mantenimiento del grupo interno -lsk- sin dificultad alguna. 

Una segunda hipótesis, distinta a la anterior y sostenida fundamentalmente por Ramón Menéndez Pidal (1960) y aceptada por otros estudiosos como M. L. Wagner o V. Bertoldi, supone que Osca sería un gentilicio latino, un adjetivo que significaría ‘relativo a los oscos’, ‘perteneciente a los oscos’, pueblo que habitó en el sur de Italia y que Estrabón escribe con ómicron: Ὂσκα, Ὂσκοι, y cuya presencia en España podría estar refrendada por la comarca asturiana denominada Los Oscos. Así, al igual que ocurre en otras ciudades hispanas en las que hubo un nombre indígena y otro romano (Hispalis ~ Romula, Salduie ~ Caesaraugusta, Tyris ~ Valentia, Iliberris ~ Florentia, Segida ~ Augurina, etc.), lo mismo sucedería con respecto a nuestra ciudad, de manera que Bolskan sería el autóctono, mientras que Osca sería el propiamente latino y haría referencia a una presencia o colonización sur-itálica de oscos no solo en la localidad sino por toda la provincia.

Independientemente de esta tesis sobre la colonización suditaliana —difícil de probar—, el hecho es que los romanos utilizaron Osca bastante antes de que apareciesen las monedas con el nombre Olskan, y que ellos (y geógrafos griegos) nunca escribieron Olska ni Bolksa, y lo mismo ocurre en las monedas cuando se latinizaron, como se ve en el denario acuñado por Domicio Calvino, gobernador de la Hispania citerior (39-36 a. C.) que anota Osca como ceca de acuñación. Así pues, según esta hipótesis, la semejanza fónica entre Bolskan  y Osca sería casual, y Osca tendría la misma relación para con Oscos, como la tienen en nuestro solar hispano los topónimos Goda y Godos, Romana y Romanos o Castellana y Castelllanos, etc. 

Por otra parte, creemos que se puede rechazar la tesis que pretende vincular el origen lingüístico de nuestro topónimo con el del sustantivo aragonés uesca ~ güesca 'muesca', 'hendidura', pensando que dicho apelativo habría tenido a su vez en la antigüedad la acepción 'paso estrecho y rocoso en una montaña', que es la que se encuentra, p. ej., en el catalán osca (junto con los de  'incisión', 'muesca', etc.), y que derivaría de una base *ŎSCA de carácter prerromano (véanse muchos más detalles en DCECH, s. v. hueca, y DECat, s. v. osca). No obstante, en la geografía física observable en la Huesca actual no hay aspecto alguno que permita admitir que su primitivo significado pudo haber sido el ya mencionado de 'paso estrecho y rocoso', es más, las características orográficas de la ciudad nos invitan al rechazo. 

En cualquier caso, de lo que no cabe duda es de que Uesca/Huesca provendrá de un étimo ŎSCA, con diptongación del fonema /ŏ/ tónico inicial. En documentación de los siglos XIII y XIV redactada en aragonés tanto en la propia ciudad como fuera, aparece mencionada bastantes veces como Uasca o Huasca (véase el apartado de la documentación histórica), con diptongo ua (< /ŏ/ tónico), que sería lo autóctono en dicho romance. Finalmente, empero, se impuso la variante con diptongo ue- y hache inicial, es decir, Huesca, que fue la que acabó triunfando en la escritura y en la pronunciación /uéska/.