Su etimología ha sugerido etimologías muy diversas.

En DicMadoz se sugiere que Logroño derive de Lucrosus con el siguiente texto: "Tal vez del nombre latino Lucrosus le haya quedado el actual Logroño habiéndose dado aquel a alguna parte de la extensa Varia en razón de lo gananciosa, provechosa o útil que su situación fuera". Sin embargo, de Lucrosus nunca se hubiera formado un final -ño (cf. Logrozana en el párrafo siguiente).

Alarcos (ApunTopRioja, 487) propuso un nombre romano Locrus, aduciendo los testimonios medievales Locrunio, Lucronio, Logronno y Logrozana. Pero de Locrus no se documenta como nombre latino (cf. EDCS), ni de él podría derivar Logroño, mientras que  Logrozana sería un cognomen, derivado del antropónimo Lucrosus, documentado en la epigrafía latina (EDCS, s.v.): Lucrosanus/a. Cf. en Extremadura Logrosán.

Rodríguez R. de Lama (CDMRioja, I, 272-293) reunió todos los testimonios medievales, hispánicos y europeos, y llegó a la convicción de que en Logroño se ha aglutinado el antiguo artículo riojano -lo (frecuente en la documentación de los siglos XI y XII) y un antiguo apelativo de raíz celto-germana *gronio. Se basa en Holder (1896, s.v.), que documenta "gronna, grunnia", con el significado de "loca palustria et herbosa". "Este significado vendría a coincidir plenamente con la situación de nuestro GRONIO (Logroño), en lugares pantanosos y riberas herbosas del río Ebro, vado de río, paso, El Paso" (CDMRioja I, pgs. 282-283).

Espinosa Ruiz (Historia de Logroño, I, 128-132), combinando fuentes arqueológicas, epigráficas y literarias, llega a la convicción de que Logroño es el fruto de la evolución de dos palabras que se soldaron en una: el apelativo romano lucus, 'bosque sagrado, y el adjetivo étnico Beronius (los berones habitaban la Rioja Alta); de un *Lucus Berunius se habría pasado a un Lucoberonius, que, con pérdida de la -e prétonica, se pronunciaría Lucobruniu y "luego se produciría una mutación de b a v vocalizante, de manera que, obtenida la forma Lucovruniu se evolucionaría a la sincopada Lucruniu. Finalmente por disimilación entre las dos ues de las dos primeras sílabas cambiaría a o la primera de ellas dando el Locruniu, luego desinenciado -nio en romance (fonéticamente -ño), tal como vemos en el documento emilianense del siglo X".

González Bachiller recoge las tres explicaciones (TopHispRioja, 200-201). Objeta que no existe constancia del antropónimo Locrus y que la complejidad de fenómenos evolutivos de la hipótesis de Espinosa Ruiz "obliga a ser cautos y a mantener una duda razonable en cuanto a su origen". Sobre la hipótesis de Rodríguez de Lama (lo gronio), subraya que "está constatado el uso del artículo lo al menos hasta el siglo XIII, que tal frecuencia de apariciones , la variedad de procedencias geográficas de la documentación ....impiden considerar que se trate de una mera errata de escribanos que no sabrían escribir el topónimo". Añade, para finalizar, que tampoco se debe descartar la posible relación con el topónimo ibérico Ilurco. Pero la ibérica Ilurco, que Tovar ubica en Mazarrón -Murcia- (IberischeLand, 3, 164) estuvo en Pinos Puente (Granada), muy lejos de Logroño. Lo demuestran las inscripciones halladas en dicho lugar , algunas grabadas "por decreto de la corporación municipal ilurconense" (cf. Pastor - Mendoza 1987, nº 100 y 109) y los hallazgos recientes (Granada Digital 20 aniversario). Además, de *Ilurcones/*Ilucrones tampoco puede devenir Logroño.

Como puede verse en la documentación histórica, Logroño ofrece en la Edad Media un polimorfismo ciertamente interesante. La forma más antigua es Lucronio, muy abundantes son Lucronium/Lucronio, también Gronio/Gronnio (illo Gronio/Logronio), y más testimonial Ogronio.

El origen antroponímico podría ser verosímil porque se documenta Lucronius en dos ciudades del África proconsular, Sicca Veneria y Gemellae: Caius Lucronius Mustus y Lucroni, (EDCS, 4680025 y 24300239 respectivamente). Se podría pensar en algún Lucronius que hubiera habitado en el lugar de la actual Logroño y hubiera dejado su nombre, pero los topónimos deantroponímicos latinos no suelen formarse a partir del nomen, sino del cognomen. Además, no tendrían sentido los testimonios medievales gronio/ illo gronio.

La sugerente explicación de Espinosa Ruiz tiene dos dificultades intrínsecas: la arqueológica-epigráfica se basa en dos hipótesis inverificables en el momento actual: no existe evidencia de la existencia de un lucus en el solar de la actual Logroño y en la inscripción (en que él se apoya) se lee LVCV BRVV (ERR, 16), de manera que el desarrollo *brunius/beronius es hipotético, inverificable porque  la inscripción ha desaparecido. Además, como ya observó González Bachiller, la complejidad de fenómenos evolutivos que propone aconseja su desestimación.

En consecuencia, hay que partir de las formas documentadas. Contrastemos por una parte Gronio/Gronnio (illo gronio/Logronio) y también Ogronio (más testimonial), y por otra Locrunio (la más antigua) y Lucronium/Lucronio.

La primera secuencia indica que el escribano percibía que el topónimo era gronio, pero por su condición de apelativo iba precedido del articulo latino illum (> lo). Cuando se perdió la noción de dos elementos separados se percibió como una palabra, Logronio. Por eso, en el mismo fuero se encuentran las dos formas (cf. doc. histórica). Después, perdido el conocimiento etimológico, se hizo un falso corte silábico, escribiéndose Ogronio.

Esta interpretación se sustenta en la explicación científica de los dos elementos que lo componen.

El artículo latino illum deviene en el dialecto riojano "lo", de modo que puede anteceder a un apelativo *gronio. Así lo explica Alvar (DialRioj, 28, nota 71), que pone como ejemplo un texto francés: "Le Groing. Aprés avoir  réduit Estella en leurs puissance, les chretiéns...". El texto  indica que el extranjero entendió Lo Groño, que tradujo Lo Groño por Le Groing. En la documentación histórica vemos que gronio se documenta solo o precedido por el artículo lo.

Para el apelativo gronio Rodríguez R. de Lama ha reunido abundantes testimonios tanto en la documentación medieval hispánica como entre los peregrinos del camino de Santiago (CDMRioja, I, 272-293), unas veces el apelativo solo y otras precedido del artículo (cf. doc. histórica).

Hemos encontrado Gronnio en el siguiente texto recogido por Du Cange: "Velut apis fertilissima, longe lateque Gronnios interrogando discurrens, multimodos divinæ Scripturæ flosculos... congregavit, queis præcordii sui cellulas densatim replevit", que Keynes and Lapidge (pg. 100) traducen: "Or like the busy bee, wandering far and wide over the marshes in his quest, eagerly and  relentlessly assembles many various flowers of Holy Scripture, with which he crams full the cells of his heart". Gronnios es un adjetivo que significa "lugar pantanoso" (marshes), derivado de "grunna/gronna", palabra céltica que significa "pantanoso" (ALG,s.v.), y que el TLL define como loca palustria et herbosa. Rodríguez R. de Lama (CDMRioja, I, 272-293) deduce que gronio sería "el vado", pero seguramente "illo gronio" haría referencia al remanso que hace el Ebro dejando tierras empantanadas y abundantes en hierbas. En cualquier caso, parece sintomático que, incluso en documentos oficiales, se use Gronio sin artículo, es decir, como si se quisiera indicar que el topónimo existe sin necesidad del artículo. La variante Ogronio podría ser un falso corte silábico producido por el escribano: L'Ogronio.

En suma. La vigencia del término en la Alta Edad Media, confirma la observación de González Bachiller: "no podemos considerar que lo gronio sea una errata de escribanos que no sabían escribir el topónimo". Los berones eran un pueblo de estirpe céltica, que utilizarían el término gronnio/gronio para referirse a "aguas estancadas, pantanosas". Precedido del artículo "lo" formó el topónimo Logroño, porque la evolución ni > ñ es un fenómeno fonético habitual en el castellano (MGhist, parágrafo 53.5). No significaba "vado de río, paso" como entendió Rodríguez R. de Lama, pero había un vado que ya describió Estrabón (FAN, IV, III.4.12) con estas palabras: "De los cuales [los berones] es la ciudad de Vareia, situada debajo (más abajo) del vado del Ebro". Gronio hacía referencia a las "aguas empantanadas" que facilitaban el paso del río, precisamente donde en la Edad Media se construyó el puente.