Topónimo transparente, sencillo, compuesto del usual castellano villa y seca, con significado aparente claro de un lugar, de una villa, una aldea, una población en la que no abunda el agua. Es un contenido semántico muy presente en la toponimia de un país como España, en la que hay muchas zonas de escasas lluvias y escasas corrientes de agua. En el caso de esta villa, en efecto, ningún río corre cerca y la pluviometría media debe de ser baja, en torno a 400 mm./año, al menos en la actualidad. Naturalmente, hay muchas poblaciones en toda España con este mismo nombre. esta es la razón por la que se añadió en fecha tan tardía como 1857 el segundo elemento del topónimo.

Más de interés es el segundo elemento, Arciel, que hace referencia al sexmo en el que se integraba, uno de los que conformaban en tiempos medievales la Universidad de la Tierra de Soria, también conocida como Comunidad de Villa y Tierra de Soria. Villaseca, en efecto, estaba integrada en dicha división administrativa, junto a otras muchas aldeas y villas, como Omeñaca, Ontalvilla, etc.