El topónimo Jaén tiene el enorme interés de ser el único, de entre las capitales provinciales andaluzas, en tener un origen plenamente latino, de época antigua, a diferencia de Córdoba, Sevilla, Huelva, Cádiz, Málaga, ciudades todas de gran importancia histórica, de nombres de origen prerromano. En este caso, a diferencia de los señalados, el topónimo indígena posteriormenter latinizado con la forma AURGI, bien documentado en el gentilicio derivado, no subsistió después de la conquista árabe, cuando fue sustituido por el nombre de la cora o región de la cual fue capital, y este nombre era Ŷayyān.  El topónimo no es árabe, sino adaptación de un topónimo latino, un nombre de propiedad, como muestra el sufijo.

Así pues, desde Menéndez Pidal  (PidalTopPrerr, 105-158) se ha impuesto el considerarlo un derivado latino en -āna, -anu, acusativo, (latín clásico, nominativo āna, -anus) del antropónimo GAIUS, uno de los más enraizados en la lengua latina antiguos y frecuentes en latín. Podemos partir, pues, de lat. VĪLLA GĀIĀNA o bien FUNDU GĀIĀNU (villa, propiedad de Gayo) y llegar hasta Jaén suponiendo que haya habido, lo que es incontestable, una intermediación de la lengua árabe, que ha hecho que la velar sorda haya pasado a palatal, más tarde a fricativa velar, el cierre de /a/ en /e/ (imela) y la apócope de la vocal final. Todos estos fenómenos tienen paralelos, en efecto, cuando un topónimo latino ha sido adaptado a la lengua árabe (así, por ejemplo, lat. TAGUS > cast. Tajo, lat. ASTIGI > cast. Écija, etc., por circunscribirnos solamente al fenómeno que más puede sorprender). Hay otros ejemplos en la toponimia española de este antropónimo (DicTopEsp, s.v.).