Nome de origem obscura, talvez pré-latino. No DOELP, é considerado “nome pré-céltico, composto de ar, 'rio' e 'água' e -unca, sufixo diminutivo”, sem relação com a planta chamada arunca, mas relacionável com Arade e outros potamónimos.

Moreira_1967 (p. 122-126) agrupa-o com os potamónimos Arouce  e Erra, ligando-os a uma série potamonímica com as bases ar- (com a variante er-) e arm- (sendo -m um alongamento), baseando-se em Krahe_1964 e IEW, que “comparam o tema hidronímico com o antigo indiano arnas ‘torrente flutuante’, vasco aran ‘vale’", bem como em Lebel (1956), quando este assinala o flamengo ocidental aar, are 'rio, pequeno curso de água'. Quanto a -unca, Moreira_1967 (ibidem) identifica-o em Aurunca, topónimo do território dos lusones celtibéricos, Cabruncas (DMP I, p. 234), e nos topónimos hispânicos Σαλόγκα (Burgos), Λιβούγκα (Galiza), Barronca (Galiza), saliunca (antigo apelativo), juntando os exemplos sardos de Toronca, Corionca. Embora tanto a análise do DOELP como as propostas de Moreira_1967 (p. 122-126) sejam especulativas, o confronto de Arunca com o potamónimo Arouce (Coimbra), que corre na região da Lousã, a cerca de 50 km, e outros nomes no território português e peninsular, sugere uma forma radical ar-. Além disso, assinale-se que o potamónimo Cabruncas, que os DMP (I, p. 234 e 834) identificam com o Arunca e no DOELP se supõe desaparecido, permanece ainda hoje, com toda a probabilidade, sob a forma Cabrunca, nome de um afluente da margem esquerda do rio em referência. Se os segmentos iniciais de Cabrunca e Arunca parecem exibir raízes diferentes, a partilha da sequência -runca ou -unca sugere um mesmo morfema.

Contudo, a falta de atestações da forma Arunca em documentos medievais aconselha prudência e pode até pensar-se numa deturpação (popular ou erudita) com base em Arouce. Com efeito, fontes corográficas do século XVIII e XIX registam Arunca associado a uma variante, Arunce (ver DicGeoCardoso e DicCoroPLeal, o qual regista Aruncia, aparentemente em lugar de Arunca). Não é impossível haver alguma confusão dos corógrafos; e observe-se que, à volta da etimologia de Arouce, Pinho Leal (DicCoroPLeal) propõe derivá-lo de Arunce, nome de um rei lendário que reinaria em Coimbra no tempo de Sertório. Parecem, portanto, registar-se várias interferências na configuração deste nome, o que faz dele um caso de etimologia obscura.