Calahorra ha sido explicado de muchas maneras. Es la evolución de Calagurris,  la forma “oficial” latina, que se explica bien con la epigráfica Calagorri y con la numismática kalakorricos, escrita en caracteres ibéricos, formación de tipo ibérico con dos lexemas bisilábicos: cala + korri, ambos preindoeuropeos (el segundo claramente identificable y explicable por la lengua vasca): significaría “abrigo o roca + rojo” (esto conviene a la configuración topográfica de la ciudad: un cerro (roca) arcilloso (rojo), protegido por el desnivel del río (abrigo, refugio): RamírezTopVasc, 137-38, que resume las explicaciones más recientes y asume la de Velaza 1998, 9-18. El nombre ibérico añade al lexema el morfema -kos étnico-nominativo de filiación celtibérica: el latino añade la -s de nominativo. Rodríguez de Lama ya hizo una síntesis bastante completa (CDMRioja I, 250-252).

Para su explicación y filiación hay que partir de la forma ibérica y contrastarla con la latina. Cualquier otro método será incorrecto. Ejemplos claros son las propuestas de un origen arábigo o caldeo. Ya en el siglo XVIII Mateo de Anguiano (1701) recogía tradiciones sobre un origen arábigo que significaría "castillo libre". Otros pensaban que gurri es una palabra caldea que significa "pueblo", unida a cala que que en idiomas antiguos significaba "ciudad fortificada", significado de Calagurris. También se explicaba a partir del vasco garagorri = "altura roja" Cf. Catalán Carbonell, F. et alli, 1970. 

PidalTopPrerr,17, a quien siguen Galmés 2000, 144 y García Alonso (PIPtolomeo 393) planteó la disyuntiva que ofrece la alternativa del corte silábico; si el segundo elemento es gorri habría que explicarlo como "castillo rojo" o "agua roja"; si es uri sería "pueblo + ¿? (algo que ya no explica). A la misma incertidumbre llega Villar_2005, 449-450, que cree ver un primer elemento cal (que significa "barro", pero no encuentra explicación para -akorri). Martino 2015, 341-42, lo explica como un calco de Guadiana, puesto que se compondría de cal + ur, hidrónimos prerromanos, pero no encuentra fácil explicación para la "g" de gurri; propone "quizá el componente latino aqua, aunque muy tempranamente sonorizada la -q-". Evidentemente ni se produjo tal sonorización ni intercalarían los romanos un apelativo suyo (aqua) en un topónimo claramente prerromano (calakorri).

Tampoco tiene relación con el topónimo árabe Qalahurra, que significa ,“baluarte defensivo de gran importancia”. Hisn Qalahurra la denominan  Al Udri (1002-1085), Al Kardabus  (segunda mitad del siglo XII) e Ibn Idari (s. XIII y XIV): cf. Sáenz de Haro 2007, 117-118. Se acuña en la Península Ibérica en la Edad Media, produciendo varias Calahorras hoy existentes (Calahorra de Boedo (Palencia), La Calahorra (Granada), sin relación etimológica, por tanto, con la Calahorra riojana.

En suma. Se trata de un topónimo prelatino (sin posible relación con el árabe o el caldeo) con la típica formación ibérica compuesta de dos elementos, kala-korri, que se acuña en áreas ibéricas o vascoaquitanas y sin posible explicación ni paralelos en el mundo indoeuropeo. Por eso remitimos a la explicación que dimos en nuestra publicación de 2009. Latinizada con la forma de Calagurris, tomó en el Bajo Imperio la forma de Calagurra, según se constata en el Itinerario de Antonino y en la carta del obispo Silvano, de donde devino la actual Calahorra, por lenición de la gutural sonora intervocálica, que ha dejado como testimonio la /h/. Hay textos en que se escribe Calaforra: quizá una hipercorrección por analogía con otras palabras que al perder la /f/ dejaron /h/ (caso de Haro). Calaforra es una forma totalmente ajena a los textos clásicos.