Potamónimo que tem suscitado várias propostas, em grande parte, de teor especulativo.

Costa_DicCorPort, apoiando-se na Miscelânia de Miguel Leitão de Andrade (Andrade-Miscelanea p. 153-1630), aceita que o nome do rio “provém da árvore chamada zenzereiro, espécie de salgueiro, que abunda nas suas ásperas e alcantiladas margens”. Esta hipótese de Zêzere se dever a um fitónimo ainda é considerada atualmente. No DOELP, refere-se a forma zenzeiro (certamente por lapso, porque não se atesta noutras fontes) e apresentam-se também as formas zenzereiro e azereiro, que têm entrada no NDLP de Cândido de Figueiredo, o qual regista zenzereiro, zezereiro, azereiro, azareiro, todos vocábulos sinónimos como denominação da Prunus lusitânica (cf. DHLP s. v. azereiro). Assinale-se que o NDLP admite a influência de Zêzere sobre zezereiro; sendo assim, tornar-se-ia improvável que o hidrónimo se devesse ao nome da planta – a situação seria a inversa, portanto, com o nome próprio a interferir como hipercorreção.

Outros autores associam Zêzere a diferentes estratos, como se enumera no DOELP: David Lopes (Nomesárabes_Lopes) interpreta a atestação medieval Ozezar como *odzezar (árabe od- ‘rio’ e zezar, do berbere zēz ‘cigarra’), “[…] com acrescentamento de r (re) final, como em Alvaiázere, Tânger, a. Tângere, almíscar, etc.”, considerando que “[o] primeiro elemento veio a desaparecer por se confundir com o artigo português, como em Degebe por Odegebe” (Lopes 1968: 175); Adolfo Coelho (1909: 320) relacionava a expressão “o Zêzere” com um nome de rio – “Osecrus ou antes Osecerus”; Piel (1944: 385) fazia-o remontar à forma antroponímica Ozecarus; outros ainda sugerem a cognação com César. Refira-se que Moreira (1967: 136) inclui Zêzere entre “frutos do arabismo”, como Almargem (de al marj ‘prado’). Bascuas_Topon2002 (p. 205/206), pelo contrário, defendendo a hipótese paleoeuropeia, propõe que a atestação medieval Uzezar supõe um originário *Upsetiari , pelo que “este hidrónimo puede considerarse como el representante principal en el O. Peninsular de la raíz *ups- ‘agua’”.

É possível que o nome em apreço tenha sofrido várias interferências, as quais hoje dificultam a sua análise etimológica.  Contudo, as formas medievais, por exibirem o elemento o-, que ocorre também noutros nomes atestados desde a Antiguidade no território próximo (Ocelense, por exemplo, e o atual Ocreza, nome de um rio que corre no distrito de Castelo Branco), dão força a uma origem pré-latina. Em todo o caso, a etimologia deste potamónimo continua incerta.