En los primeros testimonios encontramos la forma que ha experimentado el paso de lateral lenis en posición intervocálica a tap (Ehali > Ehari; cfr. Hegiraz también en la Reja, con segundo miembro -latz que no suele convertirse en -ratz tras vocal, aunque existe algún ejemplo de ello; Mitxelena, 1956: 348). El lingüista guipuzcoano (ibid., 347) decía así a propósito de este tema:

Ante hechos como Birgara, Ehari, Huribarri (Álava, año 1025), actuales Virgala (cf. Vergara en Guipúzcoa y Navarra, doc. Virgara), Ali, Eguílaz, Ullivarri, Odón de Apraiz (RIEV XI, 81 ss.) aceptaba un nuevo cambio r > l que se produjo en Álava en el s. XIII. Pero es quizá más simple suponer que durante cierto tiempo coexistieron dos formas de estos topónimos: la vasca con r y la romance que representaba la forma etimológica, y que estas últimas se impusieron como oficiales en los documentos en el siglo XIII.

Por ello, no parece aceptable la opinión de la Comisión de Onomástica de Euskaltzaindia (2003: 32) según la cual «Ali es una evolución romance del nombre euskérico original con cambio de -r- a -l- (fenómeno común en romance)», y quizás tampoco lo que sigue («y reducción de las dos vocales Ea- en A- al desaparecer en euskera la aspiración -h-»). En este punto hay que tener en cuenta los procesos de deglutinación que se han producido en ciertos topónimos en el sintagma habitual «(el lugar, la villa...) de + topónimo». Sin ir más lejos, en el testimonio de 1082 probablemente la secuencia *Gondissalvo Beilaz de Ehari fue entendida como Gondissalvo Beilaz de Hari, y transcrita de este modo.

El topónimo tiene una explicación antroponímica clara, si partimos del nombre personal Elanvs documentado en Álava (Iruña, Elorza, 1967: 34. Vid. Albertos, 1970: 133-134) o, mejor, de su variante Elanius también bien documentada (véase HE). Debemos partir de *Elani (villa) o *(villa) Elani 'la propiedad de Elanio'; cfr. los actuales Villamaderne y Villanañe por un lado, Berantevilla, Nuvilla por el otro, y Elheni Villa de la Reja de 1025, todos en Araba/Alava. Además, en 1792 se documenta Elano «labrantío de Angostina» (López de Guereñu, 1989: 186).

Elani (villa) o *(villa) Elani con una metátesis temprana se habría convertido en *Enali, de donde Ẽɦ̃ãli > Ẽɦ̃ãɾi > Ehari, por evolución eusquérica: aspiración de la nasal lenis en posición intervocálica, paso de lateral lenis a tap en la misma posición y pérdida de la nasalidad de la aspiración y de las vocales adyacentes a partir de cierta época. La forma Ehari conviviría con otra variante Heali, Heari, consecuencia del paso de h₂ > h₁ no del todo claro, de donde el castellano Ali por deglutinación, en el sintagma de Heali > de Ali.

Si partiéramos de la forma sin metátesis inicial, es decir, de *(villa) Elani o *Elani (villa), para explicar las variantes documentales deberíamos pensar que la aspiración de la nasal lene en posición intervocálica ocurrió antes que el paso -l- > -r-, es decir, que primero surgió una forma *Elahi que entonces sí, por metátesis, dio Ehali, variante que evolucionó a Ehari en euskera. El paso h₃ > h₂ ocurre a partir de una fecha no bien delimitada pero que datos de la toponimia alavesa como éste pueden ayudarnos a fechar (ya para 1025) y, dado que la posición inicial estaba libre, no es de extrañar que Heali, Heari, con paso h₃ (> h₂) > h₁, también se documenten. Sobre el nombre personal Elanius, Elanus véase Albertos (1966: 113, 283).