Este topónimo tiene su origen en el latín tardío condomīna, que derivaría de un anterior condŏma ‘casa con establo y otras dependencias’, y este de dŏmus ‘casa’. A partir de aquí se explican también las formas toponímicas Condomina, Colomina o Coromina, recogidas sobre todo en el ámbito catalanohablante, seguramente con el sentido de ‘campo bueno, próximo a una masía’ (cf. OnCat III, 438b-439b). 
En el caso de Contamina, topónimo que también existe en los municipios zaragozanos de Tauste (Top_Taust, p. 130) y de Los Fayos (Ubieto_Pueblos1, p. 427), hay dos hechos evolutivos que debemos comentar. Primero, la disimilación vocálica o > a, nada extraña, por ejemplo, en las primeras formas documentadas en catalán, del tipo condamina, connamina o conamina, de lo que se colige que fue un resultado característico de la voz tardolatina en época medieval (DECat II, 942b). Y, segundo, el irregular ensordecimiento de la consonante dental, tal vez por ultracorrección, cuando las soluciones esperadas generalmente hubiesen sido otras: el mantenimiento del sonido, la asimilación con la nasal o la simplificación del grupo consonántico (cf. Recasens, 2014: 139; Vázquez_2023, pp. 147). 

Descartamos la hipótesis antroponímica propuesta por Miguel (2020: 219), según la cual este topónimo procedería de un supuesto *Contaminus, derivado a su vez de otro supuesto *Contamius y este de Contius. Lo cierto es que ninguno de los dos derivados ha sido atestiguado realmente, dado que no aparecen en los repertorios antroponímicos consultados, por lo que los paralelismos que intuye con otros nombres propios latinos no quedan demostrados.