El topónimo Mequinensa (cast. Mequinenza) tiene su origen en el amazig Miknāsa, nombre de una antigua tribu bereber que también habría fundado la ciudad marroquí de Miknās 'Mequinez' (Barceló_2010, p. 111; Corriente_Toponymes: p. 81; Pocklington_nombres, p. 118; Pocklington_inédito: 76-77). En este caso, además, es probable que haya que partir de una variante miknēsa, la cual permitiria explicar el cambio de la vocal tónica (DicTopEsp, p. 237); dicha forma bien podria indentificarse con la solución Vicneça que se registra en la crónica del Moro Rasis de los siglos IX-X (CRasis, p. 42). Por otra parte, se puede afirmar que la adición de la consonante nasal repercutiva debió producirse tempranamente, al menos si tenemos en cuenta que se registra desde los primeros testimonios del topónimo, como Megnenza (CRasis, p. 295).

Sin embargo, Coromines, quien dedica un extenso artículo a Mequinensa en su obra Onomasticon Cataloniae, tras revisar la propuesta anterior y cuestionar su validez, arguye que el origen del nombre es puramente árabe, en concreto a partir de sustantivo miknāsa ‘acción de recoger en abundancia’, que debió usarse para indicar poblaciones donde se había hecho acopio de gente, de bienes o de terrenos colindantes (OnCat V, 255b). Además, concluye que no se trataría de la transposición del nombre de la ciudad norteafricana, puesto que parece que aquella fue fundada más tarde, probablemente después del año 917 (OnCat V, 255a; Vázquez_2011, p. 112), lo cual no excluye, no obstante, que pudiera ser igualment fundada por individuos pertenecientes a la tribu mencionada.

Este topónimo presenta distintas formas orales en boca de los habitantes de la localidad, motivadas por diversas asimilaciones vocálicas y disimilaciones consonánticas: Mequinensa/Miquinensa y Miquerensa/Miquirensa —pero siempre con [ɛ] tónica—, siendo más generales las primeras entre los jóvenes y las segundas entre la gente mayor (Moret, 1996: 125-126), o también Miquenensa y Miquelensa en poblaciones vecinas (OnCat V, 254a).