Asín Palacios (AsinContrib, p. 59) señala que procede del árabe al-ḫandaqa ‘el barranco’. Por su parte, Barceló (2010: 50) y Corriente et al. (2022: 32) parten del andalusí al-ḫándaq ‘barranco’, voz transcrita como jandaq ‘barranco, fosa’ por Pocklington (2016: 261) (vid. también ATopE, p. 150). En la Península Ibérica, son numerosos los topónimos que derivan de esta misma base: Alfándiga (Castellón, Lugo), Alhándiga (Málaga), Alfande (Murcia), Alfàndec (Valencia), Alhandac (Granada), Aljandaque (Málaga), entre otros (Corriente et al., 2022: 32).
No cabe duda de que la variante medieval Alhandeca, correspondiente al topónimo menor de Grañén (Huesca), es la que mantiene la forma más próxima al étimo árabe propuesto. En el caso de Alfántega, sin embargo, la solución más antigua registrada es Alfandega, en la que ya se ha producido el cambio ḫ > f, aunque todavía se conserva la consonante dental originaria; no obstante, ya en los mismos años aparece el ensordecimiento de dicha dental en /t/, posiblemente por atracción de la consonante sorda labiodental. Por otra parte, la vocal final -a añadida a la forma árabe debe explicarse como apoyo de la consonante velar, la cual sonorizó después.
Queda descartada la propuesta según la cual procede de un supuesto antropónimo latino *ALFANTECUS (Miguel, 2020: 146), a la vista de los numerosos cognados que aparecen en toda España.