Berdún es un topónimo compuesto por dos formantes. El primero es el antropónimo latino VERUS, nombre que procede del adjetivo lat. VERUS 'verdadero', 'sincero', de amplia difusión en todas las antiguas provincias romanas, que se ha conservado en distintos topónimos peninsulares como Fontiveros (Ávila) o Bera (Navarra). El segundo es el apelativo DŪNUM, forma latinizada del célt. *dūnon 'fortaleza, aldea': la 'fortaleza o aldea de Vero', en referencia al propietario o poseedor del lugar. Como señaló Villar, los topónimos hispánicos en -dunum, característicos en otros territorios celtas, como las Galias, “son infrecuentes y, en términos generales, revelan más bien penetraciones más o menos tardías de elementos galos” (Villar_1996, 487).

Desde el punto de vista evolutivo, los principales cambios afectan a las vocales, con la pérdida de la vocal protónica y una posterior apócope: *Verodunum > Verduni (995-1004) > Berdum (1110-1113).

Rohlfs (Rohlfs _1956, 1) estableció que el sufijo -dunum no rebasó los límites de la cuenca del Ebro, y citó como ejemplo los topónimos oscenses Asún, Cerdún, Berdún, Embún, Isún, Mascún, Rapún y Secorún; los zaragozanos Navardún y Gordún; Turruncún, en La Rioja; Besalú, en Gerona; Verdú y Salardú, en Lérida. Este mismo autor (Rohlfs _1956, 75) propuso el antropónimo VIRIUS, documentado tanto en la Galia como en Hispania, para explicar el primer formante de Berdún.

En lo que respecta a la toponimia aragonesa, Marco (Marco_1979, 162) inventarió un corpus de dieciséis topónimos y un hidrónimo con -dunum. De todos ellos, trece se encuentran situados en la provincia de Huesca y los cuatro restantes en la de Zaragoza: Ambún (Zaragoza), Asún (Huesca), Berdún (Huesca), Cerdún (Huesca), Embún (Huesca), Estarrún (río, Huesca), Gordués (Zaragoza), Gordún (Zaragoza), Isún (Huesca), Mascún (Huesca), Navardún (Zaragoza), Plandescún (Huesca), Rapún (Huesca), Sahún (Huesca), Secorún (Huesca), Soperún (Huesca) y Vacún (Huesca). Por su parte, Jordán (Jordán_1997, 448-449) y posteriormente Francisco Beltrán (2006, 189) manifestaron sus dudas acerca de que muchos de los topónimos mencionados por Rohlfs contuvieran el formante -dunum y los redujeron únicamente a dos, Berdún y Navardún. Esta hipótesis se confirmó en el trabajo monográfico de Cortés (2014, 48-50) a partir de un corpus de treinta topónimos aragoneses con la terminación -ún.