Tal y como se señala también en otros topónimos similares en esta misma obra (así Cubillas de Cerrato), este topónimo vallisoletano tiene el enorme interés de ser una muestra bien documentada de los muchos topónimos castellanos que muestran una forma Cubilla para la que se podrían proponer varias explicaciones. En este caso al menos, y probablemente esto es extensible a todos los topónimos iguales, gracias a la documentación antigua a nuestra disposición podemos proponer que estamos ante una forma diminutiva del común castellano cueva, de origen latino. Se ha producido ciertamente el cierre de /o/ en /u/ y la grafía con <B> está extendida (aunque hay casos de <V>), dificultando la visibilidad del étimo, pero estos son inconvenientes menores. Particularmente el paso de /o/ a /u/ se explica fácilmente por un cierre de la vocal pretónica que se asimila a la sílaba tónica, probablemente cuando esta aún mantenía el diptongo procedente de /e/ latina tónica. Se da en otros muchos casos seguros. Así pues, "cuevecillas" parece un significado más que conveniente. El segundo elemento del topónimo, "de Santa Marta", aparece desde fecha muy antigua, ya en Becerro de las Behetrías, mediados del siglo XIV. Es de utilidad, pues no lejos, a unos 14 km., se halla Cubillas de Cerrato. De hecho, cabe que esta localidad de Cubillas de Santa Marta haya nacido como una ampliación, una extensión por así decir, de Cubillas de Cerrato, pues precisamente su documentación más antigua, del año 1169 la denomina Couelligis. Esta forma del topónimo parece querer indicar una forma *Cobillejas (latinizada en ablativo plural), con lo que tendríamos el sufijo -eja que a menudo se usa, precisamente, para designar poblaciones que han nacido a partir de otras.