De la raíz protoindoeuropea *sik-, *sek- ‘corriente’ como calificativo de ‘agua’ (DicProInd, 147) y el sufijo -yā (*Sek-iā). Como observó Carnoy, la raíz *sik- pudo confundirse con otras raíces con una estructura fónica similar, como ocurre con la raíz *seg- ‘fuerte’ (i.e. *segh- ‘victoria’), que aparece con frecuencia en la formación de hidrónimos: Siga > Sieg (afluente del Rhin); Sigo-ona (afluente del Sauer); Seg-usia > Suze (Suiza); Seg-ontia > Sionce (Suiza); Seg-onta > Saint (Gales); *Sag-ina > Saina > Senne y *Sag-unna > Zuun (ambos en Bélgica) (DicProInd, 146-147). De esta raíz *sik- deriva el radical indoeuropeo *seik^w- ‘verter, colar, fluir, gotear’ (IEW, s. v. ‘ausgieβen, seihen, rinnen, träufeln’) que ha dado lugar en las lenguas indoeuropeas distintos resultados: en sánscrito, sécatē ‘riega’ y séka ‘chorro’; en avéstico, haēk- ‘riega’; en alto alemán antiguo, sīhan ‘colar, filtrar’; en anglosajón, sēon; en islandés antiguo, sīga; en sueco, sikkla ‘babear'; en holandés, zijgen (DEILE, 151, s. v.).

Por su parte, Krahe señaló en sus estudios la abundante presencia del radical *seg- en hidrónimos, aunque no le asignó ningún significado específico. Entre los nombres de ríos europeos señalados por este autor que contienen la raíz *seg- se encuentran *Segana; *Segina > Sieg (Alemania); *Seguzia > Suze (Suiza); *Segesa > Zeegse (Holanda); *Segonta > Saint (Gales); *Segontia > Sionce (Suiza); *Segia > Seye y Sée (Normandía, Francia); y Segura (España) (Un_Krahe, 98-99). Asimismo, Dauzat consideró que el lexema seg- y sus variantes sac- / sag-, sic- / sig- constituyen una raíz hidronímica presente en numerosos ríos de Francia (DiccÉtymNLFrance, 83-84): *Sagia > Saye; *Segia > Scie; *Sagia > Sée; *Secarus > Sègre. En Italia contamos con el río Secchia, afluente del Po (lat. Sicla o Secia). 

En el territorio peninsular, Galmés identifica esta raíz en el río Segura, el arroyo Siguena (afluente del río Sella), el Segre y el Sigüeña. A estos nombres de ríos habría que sumar un buen número de cursos de agua adjetivados con seco o sequillo que no tienen nada que ver con la ausencia de agua, sino precisamente con su presencia: Rioseco, el río Sequillo o el apelativo de Alhama la Seca. Estos resultados se explican por la confluencia de esta raíz con el lat. SĬCCA, SĬCCU 'seco' y la etimología popular (Galmés_2000, 58). Galmés propuso revisar algunos topónimos tradicionalmente interpretados según la radical *seghos ‘victoria’ a partir de la raíz *sik-, *sek- ‘corriente de agua’, tales como Segovia o Segóbriga. De esta forma, en lugar del significado ‘ciudad de la victoria’, sería ‘la ciudad bañada por un río’ (Galmés_2000, 10-11).