Diminutivo en -ejo sobre el sustantivo pajar, "lugar donde se guarda la paja". El topónimo es frecuente en todos los dominios hispánicos. Como se ha señalado en casos semejantes cuando nos hallamos con topónimos en formaciones diminutivas dicha formación diminutiva puede deberse a dos motivos. El primero es que se trate en efecto, en este caso, de unos pajares pequeños, de reducido tamaño;  el segundo es que haya existido un topónimo previo Pajares respecto del cual este otro topónimo Pajarejos sea derivado secundario, toponímico, como tantos otros casos del tipo Cerceda-Cercedilla, Hontalba-Hontabilla, etc. Es llamativo, a este propósito, que en el Censo de Pecheros de Carlos I aparezca la forma no diminutiva, Pajares.