El DRAH (II, 1802: 441), en la entrada Vergara, dice así sobre el origen del nombre de la localidad: «Ostenta en el escudo de sus armas las llaves de S. Pedro cruzadas con una estrella encima y un quarto de luna debaxo, que descansa sobre una barra, de la qual cuelga de tres listones una ara de altar, de que resultó al parecer el nombre de Vergara, sin que se conserve memoria del origen de estos blasones». Es decir, según el mencionado diccionario, en Vergara tenemos verga 'barra' 'vara' más ara 'altar'.

Mitxelena (AV, 257) dice que Bergara es «de difícil etimología», y cree que el Vírgala alavés, Birgara en la Reja de San Millán (1025; tenemos Birgara de suso y Birgara de iuso en dicho documento; García Andreva, 2010: 977), «quizá represente una forma más antigua, usada por gente de habla romance», como Álava frente a vasco Araba. Añade que el actual Bergara de Navarra –es un barrio de Arizkun, en Baztan– «aparece documentado como Virgara (siglo XI-XII)». No obstante, si dicho testimonio del topónimo navarro es como parece el Virgara de 1110 (Martín Duque, 1983: 236), Mitxelena está equivocado, dado que hace referencia al toponimo alavés, no al navarro.

Irigoien (1987: 159-164) piensa que Bergara tiene como segundo elemento kala 'pequeña ensenada' (también 'refugio', 'abrigo'; aquí sigue a Coromines [DCELC] y a Hubschmid, 1951: 23, 59; 1960: 470), que podría ser según el autor vizcaíno el segundo elemento de Portugalete (B), «con aspecto de diminutivo en cuanto a su forma», y podría estar igualmente en Punta Galea, nombre de un cabo situado en la muga entre Getxo y Sopela (B). Es decir, -gara de Bergara sería quizás –Irigoien emplea interrogantes– la versión vasca del mencionado kala.

Albertos (2004: 260), cuando analiza el hidrónimo Deva (G), dice que en las orillas de dicho río tenemos el topónimo indoeuropeo Vergara, y que en Álava existen las localidades de Vírgala Mayor y Menor, Birgara en las fuentes medievales. Cree Albertos que están relacionados con los alaveses Berganza y Berganzo, que «probablemente en época primitiva eran» Bergantia, Bergantium, con «la conocida alternancia r / nt que aparece en otros elementos toponímicos (cf. Corcora=Corcuera, de Álava, frente al santanderino Corconte, por ejemplo)». Nieto (1997: 359), por su parte, opina que el topónimo no parece vasco y que puede guardar relación con el radical berg- 'montaña', 'colina'.

En Salaberri (2015: 139), al analizar los topónimos alaveses Birgarabarren / Vírgala Menor y Birgaragoien / Vírgala Mayor, decimos que, vista la documentación, es más probable que Birgara sea la forma antigua, de la que Vírgala habrá salido por disimilación de vibrantes, en época relativamente tardía. Ahora creemos que Bergara puede ser simplemente la forma vasca del céltico -briga que tenemos por ejemplo en Sego-briga, con *sego 'fuerza' (Matasović, 2009: 327), procedente de la raíz indoeuropea *seg- 'victoria' (véase la entrada Segovia), y briga. Si partimos de *bhṛgh- o *bhergh- (Gorrotxategi, 2005: 165), tendríamos en euskera, en Gipuzkoa y en Navarra, Berga-, y en Álava Birga-, esta más cercana a briga.

El mayor obstáculo para aceptar lo dicho estriba en explicar el -(a)ra final de Bergara. Una solución es ver ahí el -(a)ra final todavía no aclarado que encontramos en una serie de topónimos, que puede proceder o estar relacionado con haran 'valle'. En el caso de la localidad guipuzcoana y el barrio navarro no es imposible que así sea, ya que ambos lugares están situados en sendos valles, rodeados de montañas, y otro tanto se puede decir, creemos, de las localidades alavesas.

En Salaberri (2015: 242), cuando analizamos el topónimo Langara Ganboa / Nanclares de Gamboa (A), mencionamos los siguiente ónimos terminados en -(h)ara: el despoblado de Aistara cercano a Araia (A), Haiztara en la Reja de 1025; Boara, denominación de otro desolado de Kuartango (A) del mismo año, y Larrahara, despoblado próximo a Alegría / Dulantzi (A), dato también de 1025, además de Alçuara que llevaba como apellido o identificador un tal Garçia Alçuara de Arrasate (G) en 1390, quizás con un primer elemento haltzu 'aliseda, alisar'.

Citamos también, en el mencionado trabajo, Lizarrara, variante de Lizarra (Lizarra-Estella, N), muy frecuente desde 1024 hasta 1210 al menos, que se documenta también como Leiçarrara (1074), y que hasta el momento no se ha explicado. Podemos añadir ahora Orbara, localidad del valle de Aezkoa (N), que podemos comparar con Orba de Valdorba o valle de Orba / Orbaibar (N), y tal vez Aldamara, término llano de Ujué / Uxue (N) próximo al río Aragón, que se documenta también como Val de Aldamara: «mas abajo al caraçierço y enfrente de la bal de Aldamara» (reconocimiento de las mugas de Uxue y Murillo el Fruto, 1612; AGN, pr. de Caparroso, 19, A. Napal), entre otros.

La variante (h)ara- de haran 'valle' suele aparecer, según indica Mitxelena (AV, entrada 69), como primer elemento del compuesto: Araluce, Aramendi, Arazuri..., y no sabemos si el final -(h)ara mencionado es una variante de haran, el artículo vasco tipo salacenco (Leyzaldeco meacara, Lezaldeco meacara, es decir, Le(i)zaldeko mehaka + -a 'el paso estrecho de Le(i)zaldea'; Jaurrieta, 1680 y 1689; AGN, pr. de Salazar / Zaraitzu, 7, R. de Algarra) o algo diferente.