Zandio es paralelo a los navarros Labio (Labiano), Undio (Undiano) y al vizcaíno Otxandio (Ochandiano). Procede probablemente de un anterior *Santeano, a pesar de no documentarse nunca así. El nombre personal de base es Sante (Sante d'Echeuerria, Lesaka, 1366; Carrasco, 1973: 567), con hipocorístico Chante (Chante de Salduriz, Chante d'ayduri, Bera, ibíd.) o su hipotética variante eusquérica *Zande: compárese con sandu 'santo' en la zona central de Navarra, incluida la capital (Sanduzelai, término de Pamplona / Iruñea), y el topónimo también navarro Zandueta (valle de Arce / Artzibar), con zandu- 'santo' como base. Tampoco es estrictamente necesario pensar en una forma independiente *Zande, dado que Sante, por evolución eusquérica y dentro del topónimo, se convertiría en dicha forma. La terminación es el conocido y extendido sufijo -ano, que indica posesión y que no tiene que ser necesariamente de época romana.

El topónimo tendría un significado inicial de 'la propiedad de Sante'. Es probable que Otxande y Sante (de Santu, Santo), se hayan originado en proclisis, como Lope de Lop (< *Lopo < Lupo < Lupu(s)). Irigoien (1977: 566-567), en cambio, ve un derivado de Santi, el mismo que tenemos en Villasante, localidad de Burgos.

De todos modos, está claro que hasta la segunda mitad del siglo XIV al menos la variante que se documenta tiene -u, no la posterior y actual -o. Además, los testimonios más tempranos (1100, 1162) presentan una -n final (Zandiun, Çandion), hechos ambos que deben ser explicados si se quiere dar buena cuenta del origen y evolución del nombre.

Este, por otra parte, no es un hecho aislado propio solo del topónimo Zandio, ya que, por ejemplo, también encontramos Lauiu entre 1083 y 1111, es decir Labiu, variante del posterior Labio (en romance Labiano, valle de Aranguren, N), Lavion, Labion en los siguientes testimonios documentales.

En el caso de Undio o Undiano, situado también cerca de Pamplona/Iruñea, el testimonio más temprano que conocemos es de 1236 (Martin d'Undio), pero en Artajona / Artaxoa (N) encontramos a Sanso Undico (1157, Jimeno, 1968: 221, 226) y a Sanz Unduico (1158-1159, ibíd., 235) que podrían ser la misma persona. En este caso es posible que se hubiera producido una metátesis a partir de *Sanz Undiuco, es decir, 'Sancho el de Undiano'. Téngase en cuenta que en la citada localidad, en 1312, encontramos a Martin d'Undiano (Jimeno, 1968: 310), hecho que da cierta fiabilidad a la propuesta. De todas maneras, no hay, en el caso de la localidad de la Cendea de Zizur (Undiano / Undio), ningún testimonio con -n, que sepamos.

En lo que respecta a la nasal final, es muy posible que se trate de una representación de la nasalidad de las vocales del diptongo, producida por la nasal del sufijo antes de desaparecer, lo mismo que ocurre con el extendido -ain (Markalain, Paternain...), con -n que pocede en última instancia de la -n- del sufijo -ani.

La -u final, en cambio, es más difícil de explicar. Si se piensa que el sufijo mencionado estaba –en contra de lo que ocurre en la mayoría de nuestros topónimos– en la fase -anu, es decir, que todavía no se había abierto y convertido en -ano, habría dificultades para llegar a -u: *Sánteano > *Zándeãɦ̃õ > *Zándjãõ > *Zándjõ (escrito en ocasiones Zandion) sí, pero la evolución *Sánteanu > *Zándeãɦ̃ũ > *Zándjãũ > *Zándjũ (transcrito a veces Zandiun) > Zandiu no es habitual. Además, habría que explicar por qué se impuso, a partir de 1366 al menos, la variante Zandio, forma eusquérica, a pesar de ser única y utilizada también en romance (compárese con el par Ochandiano / Otxandio, frente a las formas únicas Bakio o Lekeitio, por ejemplo, todas en Bizkaia).

En cuanto a la variante Çayndio de 1377, parece que la primera palatal es secundaria y surgida en contacto con una nasal, similar a la que tenemos en el topónimo bajonavarro Ainhize (véase Salaberri, 2005) o en los nombres comunes aingeru 'ángel', aingira 'anguila' o aingura 'ancla'.