Navardún es un topónimo perteneciente a la serie -DŪNUM (Marco_1979, 162; Top_5Villas, 169-170; Cortés, 2015, 48-50), del célt. *dūnon ‘aldea, fortaleza’ procedente de la primitiva raíz indoeuropea *dheu-, que se incorporó como elemento determinado a una lengua preexistente en el territorio y se latinizó como dunum. Esta raíz, sobre todo en galo, funcionó históricamente como apelativo habitual para ‘ciudad’ y se aplicó a poblados emplazados en lugares elevados y fortificados (Villar_2014, 226). Los topónimos en -dunum, característicos en otros territorios celtas, como las Galias, revelan penetraciones más o menos tardías de elementos galos y en algunos casos funcionó como un sufijo en donde el primer formante suele ser un antropónimo (Cortés_2021, 26-27).

Para el primer formante se han propuesto varias interpretaciones, casi todas ellas vinculadas con la forma primitiva del gentilicio vasco nafar > nabar ‘navarro, -a’: “fortaleza de los navarros” (ATopE, 44). Las leyendas de la villa apuntan una explicación similar: “Navardún era el pueblo o tribu de los Navar, los cuales se extendieron hacia el oeste poblando la actual Navarra, de quienes tomó el nombre” (Berraondo, 1985, 26). Efectivamente, en Nabar se identifica la forma primitiva nafar. Este gentilicio, tanto en masculino (cf. "Navar, vicecomes aquensis" 1105-1119; "Nauarr de Arinzano", 1143; "don Nauar", 1218) como en femenino ("domina Auria Nauarra", DML, doc. 38, p. 70), se utilizó como nombre personal durante la Edad Media. Así pues, Navardún significa ‘la fortaleza de Nabar’, en alusión al propietario o poseedor del lugar.