La base del topónimo es elge, elke 'pieza de labor', 'labrantío', nombre común que aparece frecuentemente en toponimia vasca, y el final es el conocido sufijo locativo-abundancial -eta (véase la entrada Amezketa). Como puede observarse, en los testimonios de 1348 el sufijo va precedido de una h (Elgueheta), habitual en la Edad Media en los nombres de poblaciones alavesas como Azazaheta, Burguheta, Gazaheta, Ogueheta, etc. (Salaberri, 2015: 116, 143, 199, 306), e igualmente en los topónimos de otras regiones (Arreteheta, Corteheta, Elcoheta, Iraheta, Yrameteheta, Zestoa, G, 1380-1479), quizás para marcar el límite silábico (véase Salaberri y Salaberri, 2016: 380-382 y 384).

Respecto al nombre del lugar en el que se fundo Elgeta, digamos que en Navarra Maya ha sido la denominación empleada en castellano, a partir de mediados del s. XIII, para designar la localidad ahora baztanesa de Amaiur, nombre actual que también encontramos, escrito de diversas maneras, en los testimonios más antiguos del topónimo, si bien en una ocasión tenemos Amaia.

Amaya, La Amaya, Maya es un topónimo que se repite en la península; véanse Tovar (1958: 832-833), Mitxelena (1972: 80-81), Bascuas (2006: 37) y Salaberri y Zaldua (2019: 160).