Los elementos del topónimo son Etza, de significado no bien definido, y buru 'cabeza', 'cabezo', 'parte alta', 'alto'. El primer elemento del compuesto tenía sin duda una africada, y aunque en la documentación escrita en latín y en romance hay muchos problemas para reflejar por escrito las africadas vascas, los testimonios de 1508 (Echaburu) y de 1633 (Etçaburu) dejan claro que el topónimo se pronunciaba con /ts̻/, es decir, que la forma actual Eltzaburu no se debe a neutralización por ir la sibilante tras sonante (tras lateral).

Vista la documentación, no hay duda de que la lateral de la forma Eltzaburu de los últimos siglos es secundaria, pero no se ve muy bien de dónde ha salido, si no se piensa en una variante intermedia *Etzanburu, que puede estar justificada por formas como kanbiyo por kamio 'camino principal', 'carretera', por ejemplo. De aquí habrá salido, posteriormente y por metátesis *Entzaburu, y de esta forma Eltzaburu, a pesar de que no se ve bien la motivación subyacente al supuesto paso *En- > El-.

Téngase en cuenta, de todas maneras, que Etzaburu > Eltzaburu se encuentra en el valle de Ultzama, documentado como Vtzama en 1087, Utzama en 1198, Hutçama en 1280, Uzcama en 1330 y 1529... pero Ulçama a partir de 1617, topónimo que se puede comparar, entre otros, con Untzama de Ermua (Aranberri, 2001: 359), pronunciado también Utzama y Ultzama.

Parece posible pensar que Etzaburu se haya convertido en Eltzaburu por influjo de Ultzama, procedente a su vez, como se ha visto, de un anterior Utzama, seguramente a través de un *Untzama no documentado en el caso del topónimo navarro y debido a repercusión, de donde Ultzama por disimilación de nasales. A propósito de este topónimo Mitxelena (1964), en una nota al pie (111, p. 153), dice que «la líquida anteconsonántica es efecto de la repercusión de la nasal, con disimilación posterior: cf. Unzama en Ataun, 1733».