El elemento nuclear del topónimo es el nombre común bárcena, que cuenta con vigencia apelativa en Cantabria y en zonas colindantes. La bárcena es ‘lugar llano próximo a un río, el cual lo inunda, en todo o en parte, con cierta frecuencia’, que el diccionario de la Real Academia identifica como voz típicamente cántabra (DLE, s. v.). 

La población de Pie de Concha se encuentra en la base de una concha o camino empedrado, también llamado cambera ‘camino para carros’ (der. de camba ‘trozo curvo de madera que forma la rueda del carro’). En algunas zonas de Cantabria el sustantivo concha se utiliza para nombrar este tipo de caminos que estaban pavimentados con piedras redondas que guardan una semejanza metafórica con las conchas. Esta posición relativa en el espacio se correlaciona con los topónimos Mediaconcha y Somaconcha, que son los nombres de sendos pueblos, hoy prácticamente abandonados, “ubicados, como su nombre expresa, a mitad y en la cima de dicho camino” (DETMCan, p. 293, s. v. pie), formando una serie toponímica completa en torno al mismo referente del paisaje (pie de, media- < MEDIA, soma- < SUMMA). El uso del sustantivo pie como locución prepositiva (pie de) coexistió durante bastante tiempo con la preposición so (lat. SUB), formando una tautología (Barcena so Pie de Concha, 1250). No obstante, y a tenor de la documentación histórica, la estructura completa del actual topónimo solo se consolidó en la segunda mitad del siglo XVIII y después de varias fórmulas conjuntivas y prepositivas (Uarzena de Pie de Concha, 1764; Barcena y Pie de Concha, 1783; Barcena en Pie de Concha, 1787; Barcena de Pie de Concha ,1787).

En definitiva, el topónimo refleja con claridad la descripción de la localidad que Madoz recogió en su diccionario: Bárcena de Pie de Concha está situada "a la falda de una elevada montaña y en las inmediaciones de la desembocadura del arroyo Torina en el río Besaya" (DicMadoz, s. v.).