Una posibilidad de explicar el topónimo es pensar que en la base tenemos el nombre personal Amerite (Solin y Salomies, 1988: 14), al que se le ha añadido el sufijo -ana que indicaba posesión, con la siguiente evolución: *(uīlla) Ameritana o *Ameritana (uīlla) 'la tierra o propiedad de Amerite' > *Amaritana (por asimilación de vocales) > *Amaritãɦ̃ã (con aspiración de la nasal lenis) > Hamarita > Amarita. Es posible que la h- se deba al paso de la aspiración de la quinta sílaba a la primera, de manera similar a lo ocurrido en arena > *areha > harea; leone > *leohe > *lehoe > lehoi, pero esto dista mucho de ser seguro; sobre este tema pueden verse los numerosos trabajos de Lakarra (entre otros, 2006: 580 y 2009), y también  Egurtzegi (2014) y Salaberri y Salaberri (2016).

Otra posibilidad es pensar en Ammar(i)us, antropónimo documentado en Agurain (Segontius Ammari f[ilius], Echevarría, 1989: 147), es decir, en *(uīlla) Ammarita o en *Ammarita (uīlla) 'la propiedad de Ammar(i)us', de donde Amarita. La cuestión, bastante peliaguda en este caso, es explicar la h- que presentan los testimonios de 1025 y 1257. Además, es un nombre por lo menos problemático, porque se ha leído de más de una manera y porque la inscripción de Salvatierra / Agurain (A) en la que estaba escrito está desparecida en la actualidad.

Elorza (1967: 168) lee SEGONTIUS IAMMARI F(ilius) y dice lo siguiente: «Baraibar es de la impresión que el cognomen es único en la epigrafía ibérica, y se inclina a creer que se deba leer Iannuarius, que es un caso, por el contrario, bastante frecuente». Echevarría (1989: 147) lee Segonti/us Amma/ri f(ilius). Abascal (1994: 55) en la entrada Tammari dice «...sobre CIL II 2942, con dudas en Antrop. 4, 313 entre Tammari y Iammari. Es preferible leer Ianuarius (Salvatierra, VI)» y Ciprés (2006: 91) considera que la inscripción tiene «una filiación de identificación problemática: Segontius Iammari? f(ilius). Tradicionalmente restituida esta última bajo la forma Tammari o Iammari, su lectura ha sido corregida por Abascal quien la sustituye por Ianuarius».

Solin y Salomies (1988: 14) traen Amerius, y no parece imposible, si se echa mano de una asimilación vocálica, pensar que en la base tenemos *(uīlla) Amerita o *Amerita (uīlla) 'la propiedad de Ammar(i)us', de donde Amarita. Sin embargo, de este modo quedaría sin explicar la h- de los dos testimonios más antiguos. Como en el caso de Araia (véase esta entrada) habría que pensar quizás en una variante con aspiración inicial, no documentada (*Hamarius, *Hamerius).

Por otro lado, el final -eta de la variante de 1305 se deberá a un reanálisis, gracias al cual el final -ita se ha interpretado como si fuera el sufijo -eta, muy habitual en nuestra toponimia.

En Apodaka (González Salazar et al., 1996: 75) existen los términos de Amaritu y Amaritupea y, aunque no tenemos documentación de los mismos y hablar en estas circunstancias es muy arriesgado, podríamos estar ante el nombre de un despoblado basado en el mismo nombre personal, esta vez con moción masculina de género, es decir, con final -itu, como en Jungitu, nombre de otra población alavesa (véase Salaberri, 2015: 226-227).