Está claro que la primera parte es zaldu 'soto' (Mitxelena en AV, 599 solo menciona el significado 'arboleda donde sestea el ganado' del roncalés zaltu, recogido por Azkue; se documenta Çaldu en Araia, en 1551, Díaz Bodegas, 1998: 402) y la segunda hondo que, a pesar de la h-, tendrá el significado de ondo 'al lado de', no hondo 'fondo'. La aspiración señala claramente el límite entre los dos elementos del compuesto, y quizás tenga que ver con la acentuación del topónimo (vése Salaberri y Salaberri, 2016).

Sin embargo, la evolución Zalduondo > Zalduendo producida ya para 1216, parece indicar que se pronunciaba [wo], diptongo creciente que evolucionó a [we], según Mitxelena (1956: 171) por asimilación al diptongo románico, como en Zuloeta > Zulueta (valle de Elorz / Elortzibar, N) o Soroeta, Soroheta (obsérvese la <h> que precede al sufijo, exactamente igual a los datos de la reja de 1025) en la documentación, hoy Sorhouet, Sorhuéta en la Baja Navarra (cfr. el actual Sohüta suletino, Sorhoeta en la literatura).

No obstante, el mismo Mitxelena en un trabajo posterior (1969: 26-27), al analizar el topónimo navarro Arteeta > Arteta con equivalente Artieda en la misma región, opina que en este último «más que del desarrollo románico de una e que difícilmente podía sonar abierta [se documenta Artieta en Burgos], estaríamos ante un caso de diferenciación de vocales en hiato, como en Çalduendo < Çaldu(h)ondo», lo mismo que ocurre en Zuloaga > Zuluaga, Zuloeta > Zulueta y Murieta < Morieta < *More-eta (ibid., 27), los dos últimos nombres de sendas localidades navarras, y Zuloaga microtopónimo muy común.