Jarque es, desde el punto de vista semántico, un topónimo que indica una orientación en el espacio. La base del topónimo es el apelativo del á.a. šarq 'este, oriente' (LexTopAnd, 294). En la entrada correspondiente del Diccionario de Madoz se anota que la localidad de Jarque está situada "en la ribera derecha del río Aranda, al pie de una sierra coronada por un antiguo castillo, obra de los árabes: la baten con frecuencia los vientos del NE" (1845-1850 DicMadoz, s. v.).

Desde el punto de vista fonético, el principal cambio del árabe al castellano se observa en la adaptación de la consonante fricativa palatoalveolar sorda /š/ en posición inicial, que pasa al romance como oclusiva prepalatal sorda /ʃ/ representada por la grafía -x- (Xarque, Xarch) o el dígrafo -xi- (Xiarch). En los reajustes fonológicos de los Siglos de Oro la prepalatal sorda /ʃ/ se convierte en oclusiva velar sorda /x/, grafías -x- y -j- (Xarque, Jarque). Este cambio consonántico propició la prótesis vocálica de /e-/ inicial que no se consolidó en las formas modernas y contemporáneas. Como se ha mostrado en topónimos similares (Cortés_2011, 98-100), esta prótesis vocálica es un fenómeno típicamente medieval que afecta a aquellos topónimos que cuentan con la oclusiva prepalatal sorda /ʃ/ en posición inicial (cfr. Xeia / Exeia [Ejea de los Caballeros]; Xalon / Exalone [río Jalón]; Xaulin / Exaulin [Jaulín]). En el caso de Jarque, este fenómeno permite clasificar las formas medievales documentadas en dos grupos. Por un lado, las formas sin prótesis vocálica (Xiarch, Xarch, Xarque, Jarque); por otro, las formas con prótesis /e-/ (Exarque, Exiarch y la forma latinizada Exiarcus). La evolución del topónimo se completa con la adición tardía de /-e/, habitual tras determinadas oclusivas en posición final, entre ellas la velar sorda /k/ (Xarque, Jarque).

En 2018 se agregó oficialmente la referencia al Moncayo. Ese año el ayuntamiento de la localidad promovió agregar al nombre primitivo este adjunto preposicional "en base a que el Moncayo es un importante enclave [...] y el municipio de Jarque se halla situado en su cara norte, estando por tanto conectado con la geografía de dicha montaña, lo que permitirá una mejor ubicación del municipio" (BOE, núm. 34, de 7 de febrero de 2018, p. 14 693).