La base del orónimo es, en palabras de Mitxelena (AV, 311), un derivado de *iben- (*imen-, *ipen-), presente en muchos topónimos vascos y relacionada con ibeni, ifiñi, ipini 'puesto' 'plantado' (ibentze, ibintze, ibina es 'rastrojo'). El final es el sufijo locativo-abundancial -eta de origen latino (plural de -etum), muy común en toponimia vasca.

En lo que respecta a la base, se puede pensar que la nasal no ha caído por su pronta palatalización, y aunque  el nombre no se documenta nunca que sepamos con <nn>, no es imposible que contenga lo que en principio era una nasal fortis, ya que, por ejemplo, en Zestoa (G) encontramos a un tal «Juan Martines de Yvanneta» en 1474 (Ayerbe y Elorza, 2008: 94), denominación en la que el último elemento es similar al orónimo navarro.

De todos modos, teniendo en cuenta que también hay hẏveẏta, hẏveẏtacoa ('de hẏveẏta') (1284), no se puede descartar completamente que la nasal fuera lenis y se aspirara: Ibenieta > *Ibẽɦ̃ĩeta > *hibẽĩeta (se documentan hẏveẏta e Jueyeta). De *hibẽĩeta pudo salir *hibenieta, con desarrollo de la nasal a partir de las vocales nasalizadas, y de ahí la Ibañeta utilizada durante los últimos siglos, por un proceso de diferenciación. Sin embargo, queda sin explicar la pérdida de la aspiración inicial, en un lugar como Luzaide / Valcarlos en el que todavía se puede oír hur 'agua' (hura con el artículo) y hilarrita (< hilarrieta 'cementerio'), por ejemplo. Siempre se puede considerar, eso sí, que en la documentación se impuso la variante usada en Orreaga / Roncesvalles, Auritz / Burguete, etc., es decir, en las localidades de la parte sur del puerto, en las que la aspiración se había perdido. Es este –el de la pérdida de la aspiración–, sin embargo, un tema que no está bien estudiado.

Coromines (OnCat, IV, 467), aunque con dudas, hace derivar nuestro topónimo de Juveneta, plural de Juvenetum 'perxada dels arbres joves': «Doncs també Ibañeta < JUVENETA, com Don-ibane DOMINE IOANNE? és clar que els pelegrins hi canviaren la n en ñ per influència del castellà [...] enduts per llur Ibáñez, ells que introduïren també en aquells llocs els topònims romànics Roncesvalles, Valcarlos, Burguete». No obstante, es difícil relacionar el citado Juveneta con los testimonios documentales del topónimo que estamos analizando.

Una explicación alternativa a las dadas por Mitxelena y Coromines es considerar que hay un hidrónimo en la base del orónimo, es decir, un término relacionado con (h)ibai, probable derivado de (h)ur- 'corriente de agua', 'agua'. Esto es lo que sugieren Lakarra, Manterola y Segurola (EHHE, entrada hur₁), pero el obstáculo que ven estos autores es la -e- de testimonios antiguos como Ybeyeta.

En Zugarramurdi (N) existe el topónimo Ibainéta (NTEM LII-2: 268), en 1703 Ybaineta («Ybaineta o sorohandia»), y también el llamado Ibainetako erreka 'el arroyo, el río de Ibaineta' (ibíd., 269; la falta de palatalización no es extraña en la mencionada localidad, en la que se dice baina 'pero', oinez 'a pie', soina 'hombro', etc. [Montoya, 2004: 78], en lugar de los más extendidos ba[ɲ]a, o[ɲ]ez, so[ɲ]a). En Leitza (N) tenemos la fuente llamada Ibainiturri, documentada como Ybañaiturrieta en 1724 (NTEM 48: 89), y también hay Ibaingo erreka 'la regata de Ibain', hidrónimos que se avienen con Ibañeta, pero de nuevo la -e- de los primeros testimonios del orónimo habla en contra. De todas maneras, cerca de Ibañeta nace el llamado Luzaideko erreka 'arroyo de Valcarlos', 'río de Valcarlos', por lo que, desde el punto de vista digamos geográfico, no habría mayor dificultad para ver un nombre de lugar relacionado con el agua.

Un obstáculo para aceptar el origen hidronímico del orónimo es la falta de la aspiración en la mayoría de los testimonios que poseemos, si bien la presencia de h- es clara en el citado documento de 1284 (hẏveẏta, hẏveẏtacoa). En EHHE (entrada hur₁), al explicar la etimologia de (h)ibai, se dan dos opciones: *iba-Xi propuesta por Mitxelena y que permite unir el término con ibar 'valle', con h₃ > h₁ (ibahi > hibai), y otra en la que el segundo elemento sería *eban 'cortado' (*hur-ban-i 'agua cortada'), lo que nos daría la posibilidad de explicar Ibañeta como '(lugar) de paso', que no le viene nada mal a un collado (Ibañetako lepoa en euskera). El problema, de nuevo, está en la vocal -e- de los testimonios medievales, que no habla a favor de dicha explicación etimológica.