El término de Puente Duero comienza en Tierra de Pinares, aunque pertenezca a la campiña del Pisuerga. Es un término húmedo, por la proximidad al río, y, por tanto, con hectáreas de regadío, rodeado por una masa forestal integrada al norte por el Pinar de Antequera y al sudeste y este por el Pinar del Esparragal. El puente originó el municipio; pues su raíz son los mesones que se levantaron a ambos lados del puente; imprescindibles pues era una importante ruta de tráfico en los siglos XV y XVI, cuyo trazado coincide con Real cañada de la Mesta (la Calle Real actual) que iba de Valladolid a Medina del Campo. Además, era paso obligado para todos aquellos que, desde el Norte y Noroeste peninsulares, se dirigieran a las ferias de Salamanca, Segovia, Toledo y Sevilla. Por ello, ya de este puente se tiene noticia en el siglo XII. La Majada de Aragón, que se cita frecuentemente en la documentación de Ensenada (por ejemplo, lg. 90, fl. 82) partía del Valle Esgueva. Era el camino y cañada que llevaba a Roa y la vía natural que seguía la trashumancia aragonesa. Ahora bien,  esta ruta debió de ser tardía; no anterior al siglo XVII, pues no se menciona en las cañadas generales de la Mesta. No iba por el valle del Duero, sino por los páramos de Encinas de Esgueva, Roa, Fombellida. Pero también seguía trazado por Gumiel de Mercado y Santa María de Mercadillo, entrando en Soria. Por lo que es muy posible que ese complemento toponímico mercadillo se refiera a los mercados ganaderos. Las primeras noticias como poblado son del año 1477; pero siempre como arrabal de la villa de Valladolid. Y la mejor noticia de sus mesones es la construcción de la Taberna del Concejo, que aparece en 1587 y se mantiene hasta el siglo XVII, cuya explotación anual se adjudica, en pública subasta, el día de San Juan de junio. En la segunda mitad del siglo XVII los nuevos diseños de las carreteras radiales dejaron a Puente Duero al margen de las rutas principales, lo que derivó en rebajas del dinero para mantener el puente. En 1830, Pedtro García González presentó a la Academia de San Fernando un proyecto para una reparación total del puente, siempre maltratado por las crecidas del río y, sobre todo, por los franceses en la guerra de la independencia. Y, aunque se aprobó el proyecto, no se resolvió, pues, según Madoz, de sus tres arcos, el central seguía cortado desde dicha guerra. Ahora es un hermosísimo puente de piedra remozado.