Hatan (1895: 15), cuando examina el topónimo Uharte de Garazi / Cize, lo entiende como u-harte 'entre aguas', y añade que la localidad está rodeada de agua por todas partes. Vinson (1909: 354) lo incluye, junto a Uhalde, Ugalde, Urdazubi y otros, en los derivados de ur 'agua', 'corriente de agua', y Jaurgain (1912: 162-163) lo explica como «entre deux cours d'eaux»:

Uharte en Soule, en Basse-Navarre et en Labourd, Huarte dans la Haute-Navarre, Ugarte dans les autres provinces veut dire communément "entre deux cours d'eaux". Le village d'Uhart-Cize se trouve entre la Nive de Béhèrobie et le ruisseau d'Arnéguy; à Uhart-Mixe, le château d'Uhart-Suson, situé entre la Bidouze et le ruisseau de Pagolle, donna le nom à la paroisse qui s'étend au delà de ces limites, et on le désignait ainsi pour le distinguer de la maison noble d'Uhart-Juson également assise dans le pays de Mixe, entre la Joyeuse et la Bidouze, à Aïcirits.

Mitxelena (AV, 96, 572) dice que el primer elemento del compuesto es u(h)-, ug-, variante de (h)ur ante vocal, y que el segundo es arte 'espacio (intermedio)'.

Como explica Madoz, hay un arroyo que desagua en el río Arakil, el llamado Itsasiko erreka (NTEM 12: 147) que baja de Andimendia o Sierra de Andia. Es esta circunstancia, sin duda, la que ha dado nombre al pueblo, que se repite en otros lugares de la geografía navarra y bajonavarra: cerca de Pamplona, en Lekaroz (Baztan), en Garazi y en Amikuze, sin salir del antiguo reino. Equivale al castellano Entrambasaguas y a los eusquéricos Ibiltzieta (N, véase el Toponhisp.), Inbuluzketa (N), Urbieta - Biureta (microtop.), etc.

Belasko (1999: 230-231 y 403), cuando analiza los topónimos Huarte / Uharte y Uharte Arakil, nos recuerda que el primero está «en el espacio que forman los ríos Arga y Ultzama antes de confluir». Sin embargo, la confluencia de estos ríos no está en el mismo Uharte, sino un poco más abajo, en Villava / Atarrabia, pero sí en cambio la unión del río Urbi que viene de Eguesibar / Valle de Egüés y del Arga que procede de Esteribar, hecho al que habrá que atribuir la denominación de la localidad cercana a Iruñea.

La segunda parte del topónimo, Arakil, el nombre del valle, se debe a la necesidad de distinguir este Uharte de otros Uharte / Huarte que existen en Navarra.