Mitxelena (AV, 107) menciona Ataondo, al parecer como forma antigua, documental de Atondo, en la entrada at(h)e 'puerta', navarro  atea 'garganta o estrechura de un valle, desfiladero', citando el Vocabulario navarro de Iribarren. En FHV (p. 126), en el capítulo dedicado a las vocales finales, dice que «en bisílabos, -e y -o se cambian en -a» y tras dar varios ejemplos de dicho cambio, añade que «este fenómeno está bien atestiguado desde los primeros documentos medievales, aunque falta al parecer en la onomástica aquitana», y cita los testimonios navarros del s. XI Ataburu y Ataondo, además de los alaveses Atahuri y Atazaval.

En la documentación de Iratxe (1217, Lacarra, 1965: 310) encontramos en Oskia, cerca de Atondo, lo siguiente: «...dono et concedo tibi Garcia et uxori tue Toda, monasterium Sancti Petri de Atea cum hereditate de Osquia». Jimeno (2014: 136) dice esto, cuando habla del despoblado de Atea cercano a Atondo: «En las inmediaciones del paso abierto por el río Arakil en la mole calcárea que hoy llamamos Oskia, existieron varias entidades de población durante la Edad Media: los monasterios de San Pedro de Atea y de Santiago de Hosquiatea u Osquiate [...]», es decir, teníamos Atea y Oskiatea u Oskiartea 'la puerta, el paso, el desfiladero de Oskia', situado frente al de Axitarte (< Axita < Aizita más arte 'entre'; cfr. los topónimos Arrate y Arrarte, con harri, como primer miembro) o Dos Hermanas, que hace de límite entre los valles de Imotz y Arakil.

No hay por lo tanto ninguna duda que el primer elemento del compuesto es ata-, variante de ate 'puerta', en toponimia 'portillo, desfiladero, garganta', como en Ataburu (< ata- < ate más buru 'cabeza', 'cabezo', 'parte alta'), término del mismo Atondo y también el nombre del puerto de Markalain, en Juslapeña / Txulapain, cerca de aquí, entre otros. El segundo elemento es ondo 'junto a', es decir, Atondo era en un principio Ata(h)ondo '(la población) situada junto al desfiladero', si bien no se puede olvidar que, como se ha dicho, el despoblado de Atea estaba cerca, por lo que Ata(h)ondo podría haber sido en origen '(la población) situada junto a la de Atea'.

Del original Ataondo salió Atondo, por contracción de vocales o reducción del grupo vocálico, como en atairi > atari, por ejemplo, o Etxaondo (< etxa- de etxe 'casa' y ondo) > Etxondo.

En los primeros testimonios tenemos Ataondo, sin h, grafema omnipresente sin embargo en los datos de finales del XIII y en Achaondo de 1350 –estará probablemente por Athaondo o Atahondo–, que nos recuerda el Athondo de 1513. Es sabido (vide Salaberri & Salaberri, 2016: 383-384) que h marca a menudo el límite de morfema en muchos topónimos compuestos, y no es descabellado pensar que, en ocasiones al menos, se pronunciaba, es decir, que no era un mero grafema. No obstante, la variante Ataundo de 1258, Atondo de 1268 y Atando de 1280 hablan en contra de ver un sonido aspirado en el topónimo. Lakarra (2015: 354), por su parte, dice que esa h no ha dejado ningún rastro fónico.